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ChIP-seq
技术简介:??
染色质免疫共沉淀技术(ChromatinImmunoprecipitation,ChIP),是研究体内蛋白质与DNA相互作用的有力方法,通常用于转录因子结合位点或组蛋白特异修饰位点的研究。将ChIP与第二代测序技术相结合的ChIP-Seq技术,能够高效地在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段。
ChIP-seq的原理是首先通过染色质免疫共沉淀技术(ChIP)特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段,并对其进行纯化与文库构建;然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序。研究人员通过将获得的数百万条序列标签精确定位到基因组上,从而获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段信息。
应用领域:
1.筛选调控蛋白在基因组上的结合靶点:针对转录因子、DNA/RNA聚合酶、转录复合物等调控因子蛋白进行特异性的富集,分离纯化与之结合的靶DNA片段并测序,分析筛选到准确有效的靶位点、靶基因数据
2.揭示差异化表观遗传变异的原理:通过对不同表型组织内组蛋白、转录因子蛋白及其他结合蛋白进行染色质免疫共沉淀测序并定量分析靶基因表达调控水平或针对同种组蛋白进行甲基化、磷酸化、泛素化修饰所导致的结合位点变异进行分析,即可准确揭示差异化表观变异原理;
3.研究表观遗传变异疾病:借助染色质免疫共沉淀测序技术结合生物信息分析揭示由蛋白与DNA相互作用变异而引起的疾病的原理,明确表观遗传修饰在癌症等表观遗传变异疾病的发生发展过程中的具体作用机制。
技术优势:
???????全基因组覆盖:ChIP-Seq可在全基因组范围单碱基水平对蛋白结合位点进行筛选与鉴定。
???????高灵敏度:每个样本可获得数百万条的序列标签,可发现研究基因组上稀有的蛋白结合位点。
???????高精确率:可获得高水平的信噪比数据,准确区分真实事件与噪音,精确定位蛋白结合位点。
???????高性价比:仅需较少的数据量即可鉴定全基因组范围内的结合位点。
实验流程:
A.ChIP-seq建库测序流程
B.数据分析流程
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