生物信息学数据库访问与操作作业指导书.doc

生物信息学数据库访问与操作作业指导书

TOC\o1-2\h\u24944第一章生物信息学数据库概述 2

105861.1数据库简介 2

29081.2生物信息学数据库分类 3

23748第二章数据库访问基础 4

215592.1数据库访问方法 4

299592.1.1网页访问 4

242022.1.2命令行访问 4

230012.1.3API访问 4

116102.1.4与本地安装 4

234892.2数据库访问工具 4

108132.2.1浏览器 4

297982.2.2命令行工具 4

279062.2.3编程语言 4

220372.2.4数据库管理软件 5

229342.3数据库访问权限与安全 5

114112.3.1权限控制 5

35962.3.2用户认证 5

167682.3.3数据加密 5

107412.3.4安全审计 5

22612.3.5安全策略 5

363第三章常用生物信息学数据库介绍 5

323173.1核酸序列数据库 5

85683.1.1GenBank 5

169943.1.2EMBL 6

309193.1.3DDBJ 6

80283.2蛋白质序列数据库 6

201583.2.1SwissProt 6

56083.2.2TrEMBL 6

175143.2.3PIR 6

248523.3结构生物学数据库 6

138093.3.1ProteinDataBank（PDB） 6

31983.3.2RCSBPDB 7

185253.3.3MMDB 7

22874第四章数据库检索与查询 7

38434.1关键词检索 7

206994.2高级检索策略 7

196624.3检索结果处理 8

5810第五章数据库数据与转换 8

146475.1数据方法 8

257975.2数据格式转换 8

117015.3数据压缩与解压缩 9

8518第六章数据库数据统计分析 9

20206.1数据分布分析 9

191496.1.1数据类型与分布特征 9

117046.1.2数据分布分析方法 9

46616.2数据相关性分析 10

195746.2.1相关性指标 10

307786.2.2相关系数计算方法 10

287476.2.3相关系数的解释与检验 10

136136.3数据可视化 10

168216.3.1数据可视化工具 10

90276.3.2数据可视化方法 10

243476.3.3数据可视化技巧 11

26684第七章数据库数据挖掘 11

154347.1数据挖掘方法 11

167697.2数据挖掘工具 11

324297.3数据挖掘应用实例 12

11747第八章数据库数据整合 12

175348.1数据整合方法 12

191078.2数据整合工具 13

302748.3数据整合案例分析 13

9581第九章数据库数据管理与维护 13

320709.1数据库备份与恢复 13

49649.1.1备份策略 14

202239.1.2备份方法 14

239349.1.3恢复操作 14

318699.2数据库功能优化 14

216909.2.1索引优化 14

118509.2.2查询优化 15

135519.2.3存储优化 15

308329.3数据库安全与权限管理 15

131369.3.1安全策略 15

39599.3.2权限管理 15

15833第十章生物信息学数据库应用实例 15

2831910.1基因序列分析 15

2335110.2蛋白质功能预测 16

1654810.3疾病相关基因研究 16

、

第一章生物信息学数据库概述

1.1数据库简介

数据库（Database）是按照数据结构来组织、存储和管理数据的仓库。在信息技术领域，数据库技术已成为信息资源管理的基础和核心。数据库系统由数据库和数据库管理系统（DBMS）组成，数据库管理系统负责对数据库进行有效管理，包括数据定义、数据操纵、数据查询、数据更新等功能。

1.2生物信息学数据库分类

生物信息学数据库是生物信息学领域的重要组成部分，它收集、整合