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#数据库#EcoCycE.coli数据库介绍

Peaker

在生物学研究过程中，细菌扮演了一个非常重要的角色，在实验

对象中，往往以细菌为模式生物，因为细菌的组或生理机制相对

单一，更容易分析化合物的药理作用。同时细菌，古菌的研究对于物种

演化以及当前的一些尚未明确的机制研究都具有重要意义。其中就有

最近研究非常火热的CRISPR机制。CRISPR原本就是源于细菌的获得

性免疫机制，在后由于的遗传物质整合到细菌中spacer

机制在人类的免疫以及疾病治疗领域都有着非常巨大的前景。因此越

来越多的细菌相关数据库得到广泛重视，其中就有EcoCyc数据库。

EcoCyc是一个收集埃希氏杆菌属的科学数据库。EcoCyc项目收集了

大量来自文献验证并且经过人工校正过的杆菌属转录调控，全组，

代谢通路等相关的数据信息。

数据主页

EcoCyc提供了非常丰富的数据资源以及分析方法，例如中

提供了多种sites，search工具，analysis方法等等

例如我们通过sites选择进BioCyc,则可以进入下面界面

在这里我们可以分析细菌相关蛋白的功能term，以及我们非常关

注的CRIPR信息，通过提交序列信息，查找是否存在可能的CRIPR位

点。

在search有哪些信誉好的足球投注网站工具中提供了大量的有哪些信誉好的足球投注网站模块，例如检索，通

路，BLAST等等。我们以查询通路为例

在上图中检索框内输入我们想要查询的通路名称，下面可以勾选

相应的选项，点击submit即可进行查询。查询结果如下所示

我们看到检索到的通路名，reaction反应，以及，这里我

们看到argininebiosynthesis的验证是于实验验证。点击后可以看

到详细信息。

可以看到每一步详细互作的通路图，包括每一步按顺序的信号传

递过程，以及之间的互作关系。如果想单独研究细菌相关的代谢

过程，EcoCyc数据库提供了整理的细菌相关代谢通路，用户可以通过

浏览或查询进行分析。