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基于转录组分析的甘薯贮藏根淀粉含量相关SNPs开发
目录
内容简述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．2
1.1研究背景．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．2
1.2研究目的与意义．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．3
1.3国内外研究现状．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．4
材料与方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．5
2.1试验材料．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．6
2.2转录组测序．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．7
2.3数据分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．9
2.3.1质量控制．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．11
2.3.2基因表达分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．12
2.3.3功能注释．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．13
2.3.4差异表达基因筛选．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．15
甘薯贮藏根淀粉含量相关基因的筛选．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．16
3.1基因功能预测．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．17
3.2差异表达基因验证．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．19
3.3淀粉含量相关基因的初步鉴定．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．20
基于SNPs的关联分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．21
4.1SNP标记的筛选．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．22
4.2SNP位点的选择．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．24
4.3关联分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．25
4.3.1数据处理．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．26
4.3.2模型建立．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．28
4.3.3结果分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．30
甘薯贮藏根淀粉含量相关SNPs的功能验证．．．．．．．．．．．．．．．．．．．31
5.1突变体构建．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．32
5.2突变体表达分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．34
5.3淀粉含量测定．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．35
结果与分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．36
6.1转录组数据分析结果．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．37
6.2SNPs关联分析结果．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．39
6.3突变体功能验证结果．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．40
讨论与展望．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．41
7.1结果讨论．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．42
7.2研究局限与展望．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．43
1.内容简述
本文主要针对甘薯贮藏根淀粉含量这一关键性状，通过转录组分析技术，对甘薯品种的基因表达谱进行深入研究。首先，我们选取了多个甘薯品种进行转录组测序，构建了高精度的转录组数据库。在此基础上，结合生物信息学分析手段，筛选出与淀粉含量显著相关的基因和关键转录因子。
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