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医药行业税务合规报告（2025）

前言

医药行业税务风险与商业贿赂问题息息相关，呈现出虚开与商业贿赂并存的

特点，具有明显的行业特征。2024年，国家卫健委、药监局、市监局等多部门

研究出台预防和打击医药行业商业贿赂问题的政策文件，持续查处医药行业“带

金销售”等违法违规行为，十四部委联合继续纠正医药购销不正之风，证交所和

证监会重点关注上市药企销售费用占比的合理性和发票的合规性。随着国家对医

药行业商业贿赂问题整治力度不断升级，税务部门对医药企业涉税违法行为力度

也持续加码，2024年爆发了多起医药企业虚开大案、偷逃税要案，引发医药企

业补缴增值税税款、缴纳滞纳金、纳税调整和罚款等一系列税务风险，部分企业

还被追究虚开犯罪的刑事责任。医药企业事前如何做好税务合规，防范潜在的涉

税风险，事后如何有效举证和抗辩，应对已爆发的涉税风险，成为医药行业亟需

关注和解决的问题。

华税团队基于对医药行业的深入观察，编写了本《医药行业税务合规报告

（2025）》。此报告通过观察2024年医药行业发展概况及税收监管动态，聚焦

2024年医药行业涉税刑事、行政案件并总结2024年医药行业涉税风险的表现形

式，解析2024年医药行业虚开风险的成因，并在前述的基础上提出化解与应对

涉税风险的建议，确保建议的精准性、针对性、实效性，以期为医药行业的税务

合规建设与发展提供有益的启示与参考。

本报告共分八节，全文约二万三千余字。

目录

一、2024年医药行业发展概况

二、2024年医药行业税收监管动态

三、2024年医药行业涉税案件观察

四、2024年医药行业涉税风险的六大表现形式

五、医药行业虚开风险的成因分析

六、医药行业涉税刑事风险的应对与化解

七、医药行业涉税行政风险的应对与化解

八、2025年医药行业税务合规的建议

一、2024年医药行业发展概况

（一）疫情后制药企业业绩呈现下降趋势，现已趋于平稳

根据国家统计局数据，全国规模以上制药企业2020年1月-11月营业收入处

于近五年最低水平，2021年1月-11月营业收入和利润总额达到了顶峰，而后呈

现下降趋势，现已趋于平稳。具体来说：

从营业收入的数据来看，2021年较2020年上升18.59%；2022年较2021年

下降0.73%；2023年较2022年下降13.09%；2024年较2023年上升0.53%；从

利润总额的数据来看，2021年较2020年上升71.78%；2022年较2021年下降

28.15%；2023年较2022年下降19.39%；2024年较2023年下降2.52%。这与行

业的宏观环境变化密不可分。2020年受疫情影响，制药企业物流成本上升，导

致营业收入和利润总额的表现不佳；2021年全国对疫苗、药品等需求的激增，

使得制药企业迎来高速发展，营业收入和利润总额均创下近五年新高。2022年

至2024年期间，国家先后发布《关于做好国家组织药品集中带量采购协议期满

后接续工作的通知》《药品上市许可持有人委托生产监督管理工作》《药品标准

管理办法》等文件，强化药品监管力度，同时持续打击医药行业商业贿赂，导致

制药企业营业收入和利润总额呈现大幅下降趋势，尤其2023年7月，全国开展

医药领域腐败问题集中整治工作，2023年营业收入和利润总额下降的幅度较大，

至2024年趋于平稳。

（二）国家多部门发布医药行业政策文件，重点打击商业贿赂问题

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1.十四部委联合继续纠正医药购销领域不正之风

2024年5月27日，卫健委、国家税务总局等十四部委联合印发了《2024

年纠正医药购销领域和医疗服务中不正之风工作要点》的通知。“纠正医药购销

领域和医疗服务中不正之风”是卫健委联合税务、公安、审计、市场监管等多部

门长期共同开展的专项整治活动，旨在深入协同推进医药购销领域制度建设。《工

作要点》指出，加大医药购销领域商业贿赂治理力度，聚焦虚开发票、虚假交易、

虚设活动等形式违规套取资金用于实施不法行为，保持打击高压态势。严查假借

各类会议、捐赠资助、科研