源代码python下通过eutils提取entrez数据资源-peaker.pdfVIP

#源代码#python下通过eUtils提取Entrez数据资源

Peaker

Entrez是一个有哪些信誉好的足球投注网站引擎，整合了多个生物信息学数据库，是建

立在NCBI数据上的。从一个单一的页面，用户可以检索海量的

数据集，例如特定的文献检索，或蛋白序列，蛋白三维结构，蛋

白domain，表达谱，组拼装，以及分类信息等。

这个有哪些信誉好的足球投注网站引擎的地址是.

用户可以检索，但是通过浏览器使用Entrez相对于使用

来说并不是非常高效。这就是为什么NCBI创建了“EntrezProgramming

Utilities”(eUtils).的。这是一个用于查询Entrez数据的接口，并不

需要浏览器，而是使用我们自己程序中抓取的方法就可以搜

索结果。

eUtilsataGlance

用户必须要建立一个特殊的URL地址，这个URL应该包含使用

NCBIwebserver的程序以及所有必要的参数，例如数据名，检索词

等。一旦URL被POST到服务器，NCBI就会发送一个结果，大多数情

况下是通过XML格式。

这个过程背后的基本原理是程序必须要简历一个URL，然后post

上传它，抓取，然后解析结果。URL并不是手动创建的，而是自动获

取的。

BiopythonandeUtils

Python有一些工具可以抓取URL地址，例如urllib,urllib2等工具都

可以解析XML和HTML格式文件，捕获URL地址。即使是使用一些相

关的工具，eUtils建立关联也需要大量的工作。为了这个，python

提供了一个Entrez模块。这个模块可以提供一些function，调用每一个

eUtils程序，而不需要知体如何去建立和解析一个XML或HTML

文件。

eUtils:RetrievingBibliography

下图是一些Entrez所包含的function，以及对应的描述

我们通过一个实例来解释如何使用这些function获取并展示

Pubmed上的数据。

程序所提供的是一个类似爬虫的程序，通过Entrez抓取

Pubmed上的信息，输出结果如下

RetrievingGeneInformation

由于eUtils是一个整合多个数据资源的接口，因此这个程序也可

以用于抓取相关数据。

在Entrez提供的数据接口中，我们导入的参数包括email邮箱，检

索，这里使用的是一个的，在有哪些信誉好的足球投注网站到的结果中进行

一个循环，输出的description描述以及summary概述信息，抓取到

的结果如下

喜欢本文吗？欢迎加入云生信跟大家一起进步~