2025年Gromacs 学习笔记 _原创精品文档.pdfVIP

乐民之乐者，民亦乐其乐；忧民之忧者，民亦忧其忧。——《孟子》

[经验心得]Gromacs学习笔记

这是我学习3个月的时候写在我QQ空间里的！为的是方便同门讨论！现在拿出来

和大家讨论看有什么注意的地方要是能抛砖引玉小弟更是荣幸之至。

gromacs计算

关于gromacs的计算我认为最关键的是要制作出合适的TPR文件

拿到TPR你在任何机器上都可以做动力学模拟，我们所做的一切都是要为了拿到

TPR文件！

TPR文件是由grompp命令制作的，这个命令至少需要3个输入文件，蛋白坐标文

件GRO力场文件MDP和拓扑文件TOP。有了这三个文件我们就可以得到梦寐的TPR

文件。

为了得到这个tpr我们还是先来看看三个先决条件吧！GROTOP和MDP，其中

MDP文件时力场参数保存了你需要模拟的动力学的市场积分类型积分步长和一些其

他属性，一般我

们初学的同学需要自己收藏几个固定的MDP文件，这样慢慢学习其中的参数意义。

其二我们需要蛋白坐标文件GRO这个坐标文件就是你要模拟的蛋白的初始状态，包

括水包括所有的离子等等！

其三我们还需要一个拓扑文件期间包含了分子间力的信息分子力场信息等。top

吾日三省乎吾身。为人谋而不忠乎?与朋友交而不信乎?传不习乎?——《论语》

文件是由GRO文件派生的，综上，我们准备过程中GRO事关键任务。

以上是一个总体的把握下面我和大家分享一下具体的细节问题：

首先我们从PDBbank下载到了蛋白晶体文件PDB，这个晶体文件通常是要修理的

进到Schrodinger里修理同源模建去水然后去掉不打紧的金属离子等等输出个PDB！

我们拿到gromacs

中处理。

初用gromacs的时候最好找个师兄为你做一个.sh文件这样就可以全局环境下直接

调用了，把它放在/etc/profile.d/中。具体内容请查看MDBBS的相关教材这里不再详

述

首先我们先用pdb2gmx命令

pdb2gmx-f-name-.pdb-o-name-.gro-p-name-.top-ignh-ff53a6

-f为输入的PDB文件

-o是输出的GRO坐标文件

-ignh是忽略氢，gromacs要自己为蛋白加氢原子，因为晶体衍射的氢一般都不太

准确

-ff为力场参数我们选择的事Gromacs96的53a6

太上有立德，其次有立功，其次有立言，虽久不废，此谓不朽。——《左传》

不要以为这么简单就做好了GRO了，蛋白在体内通常是在水环境下的，所以我们还

要做一系列的改造和修饰

editconf定义修改蛋白的空间大小俗称盒子大小

editconf-f-name-.gro-o-name--box.gro-btcubic-d1.0-c

-f为输入的PDB文件

-o输出的GRO坐标文件

-bt说明盒子的形状cubic为正方体还有几种其他的形状，不写则为立方体

-d表面蛋白到盒子边距的距离单位是唉

-c是把蛋白居中

-boxn,n,n是手动指定盒子大小，例子中没有用这个选项

接下来就要把这个-name--box.gro的盒子里加水了顺便说一下-name--