遗传作图及基因定位.ppt

与单标记分析法相比，区间作图法具有以下优点：01能从支持区间推断QTL的可能位置；02可利用标记连锁图在全基因组系统地有哪些信誉好的足球投注网站QTL，假如一条染色体上只有一个QTL,QTL的位置和效应估计渐近于无偏；03QTL检测所需的个体数大大减少。区间作图法一度成为QTL作图的标准方法。04但区间作图法仍存在许多问题：1无法检测上位性效应和基因型与环境的互作；2当相邻QTL相距较近时，QTL间相互干扰使QTL的位置和效应估计出现偏差；3每次检验仅用两个标记，其他标记的信息未加利用。43.3复合区间作图法（CompositeIntervalMapping,CIM）复合区间作图法是Zeng系统研究了多元线性回归方法(一个因变量和多个自变量间的相关关系)进行QTL作图的理论基础，进而提出把多元回归与区间作图结合起来的QTL定位方法。该方法中拟合了其它遗传标记，即在对某一特定标记区间进行检测时，将其它与QTL连锁的标记也拟合在模型中以检测背景遗传效应。复合区间作图法的主要优点是：01一次只检验一个区间，把对多个QTL的多维有哪些信誉好的足球投注网站降低为一维有哪些信誉好的足球投注网站；03以所选择的多个标记为条件，在较大程度上控制了背景遗传效应，提高了作图的精度和效率。05仍采用QTL似然图来显示QTL的可能位置及显著程度，从而保持了区间作图法的优点；02假如不存在上位性和QTL与环境互作，QTL的位置和效应估计是渐近无偏的；04复合区间作图法也存在一些问题，主要有：01不能分析上位性及QTL与环境互作等复杂的遗传效应；023.4多重区间作图法（MultipleIntervalMapping,MIM）Kao和Zeng等（1999）提出了多重区间作图法进行基因定位，这种方法也是以极大似然法估算遗传参数，突破了回归方法的局限性,可同时在多个区间上检测多个QTL，使QTL作图的精确度和有效性得到了改进。利用MIM法还能估计和分析QTL之间的上位性、个体的基因型值和数量性状的遗传力。但其计算相当复杂，而且如何确定合适的临界值目前尚无理论支持。01025基于混合线性模型的复合区间作图法（MixedCompositeIntervalMapping）1朱军提出了用随机效应的预测方法获得基因型效应及基因型与环境互作效应，然后再用区间作图法进行遗传主效应及基因型与环境互作效应的QTL分析。2该模型可以扩展到分析具有加×加、加×显、显×显上位性的各项遗传主效应及其与环境互作效应的QTL。利用这些效应估计值,可预测基于QTL主效应的普通杂种优势和基于QTL与环境互作效应的互作杂种优势。但该模型在检测上位性效应、基因型与环境互作效应的灵敏度有限，不同重复资料间的吻合性不高。Mapmaker/QTL/pub/mapmaker3Mapmaker/MapmanagerQTSIM/CIMBC,F2,F3QTLCartographer/qtlcart/Mapmaker/MapmanagerQTSIM/CIM,PTBCx,SFx,RFx,RI,othersMapmanagerQT/mapmgr.htmlQTLCartographer/Mapmaker/QgeneSIM/CIM,PTBC,F2,RIQGeneTMqgene@MapmanagerQTSIM,PTBCx,F2,F3,DH,othersMapQTLTMhttp://www.cpro.dlo.nl/cbw/JoinmapSIM/CIM,PTBC,F2,Risx,DH,CPPLABQTLhttp://www.unihohenheim.de/-ipspwww/soft.html-SIM/CIMBC,F2,SFxMQTLftp://gnome.agrenv.mcgill.ca/pub/genetics/-sCIM,PTBC,DH,RIMultimapperhttp://www.RNI.Helsinki.FI/~mjs/QTLCartographer/MapmakerCIMBC,F2TheQTLCaféhttp://sun1.bham.ac.uk/g.g.seaton/QTLCartographer/JoinmapSIMBC,F2,DH,RIEpistat/epistat.htmspreadsheetprogramPTBC,RIQTLMapper/software/qtlmapper/?MCIMBC,F2,DH