遗传病基因变异全外显子组测序技术规范化应用专家共识.pdf

遗传病基因变异全外显子组测序技术规范化应用专家共识

【摘要】二代测序技术(NGS)在遗传病诊断中发挥着越来越重要的作用。全外显

子组测序(WES)针对基因组编码区进行检测,具有成本低、效率高等优势,已被广

泛用于遗传病检测。但与传统的检测相比,NGS操作流程复杂,数据分析和变异解

读人员能力参差不齐,给检测结果的准确性造成了不确定性。为保证检测质量,

提高疾病的诊断率,本共识对WES在实验室设置、操作流程、数据处理、结果解

读、质量控制等方面提出了建议,以规范其在遗传病检测中的应用。

【关键词】全外显子组测序;二代测序;质控;变异解读

遗传病是指基因变异或染色体数目和结构异常所导致的疾病,已成为当前全

球公共卫生领域的重大挑战。已明确的遗传病超过7000种,其种类繁多、表现形

式及病因机制各异[1]。遗传病的基因检测在产前筛查、出生缺陷预防、新生儿

筛查、遗传病防治等方面均具有重要的价值[2-4]。

外显子是基因组中负责编码蛋白质的区域。尽管仅占基因组全长的1%~2%,

却包含近85%的已知致病变异[5]。与全基因组测序相比,全外显子组测序(whole

exomesequencing,WES)具有成本低、效率高的优势,因此被广泛用于遗传病的

检测。然而,与传统的检测相比,高通量测序技术操作复杂,数据分析和变异解读

人员能力参差不齐,检测方法多为实验室自建,实验室标准化和规范化不足,造成

了结果的不确定性。相较于其他临床检验项目,遗传病基因检测具有很大的特殊

性,临床医师在疾病诊断和干预方面对结果的依赖程度更高,检测结果可能直接

影响后续的诊断和预后,因此对检测的准确率和质量要求更为严格。为保障WES

技术在遗传病检测领域的规范应用,在参考国内外指南、标准、规范的基础上,

本共识组列出了WES检测的适应症,包括产前诊断的适应症,并在实验室设置、操

作流程、数据处理、结果解读、质控等方面提出了规范和建议。

1WES检测的适应症

WES检测的适应症包括:(1)未确诊的遗传性疾病:综合患者的临床症状、影

像学及常规实验室检查结果、家族史等高度怀疑为遗传性疾病,但传统的诊断方

法(如染色体核型分析、染色体拷贝数分析等)未能提供明确的遗传学诊断结果;

(2)罕见病和综合征:罕见的遗传性疾病或综合征,如不明原因的智力落后和(或)

发育迟缓、非已知综合征的多发畸形等;(3)复杂性遗传病:临床诊断明确、但表

现出复杂遗传模式的疾病或存在较强遗传异质性的疾病(如眼科疾病、骨骼发育

异常等);(4)产前诊断:胎儿影像学检查发现明显异常,但常规染色体核型分析或

拷贝数分析无法提供明确诊断者。此外,对于一些临床诊断明确的遗传病患者,

或具有反复流产或异常生育史的夫妇,WES可以帮助识别潜在的遗传因素,为再

生育提供指导。

2实验室设置

2.1设施及环境要求

实验室应遵照《医疗机构临床基因扩增管理办法》的相关规定开展工作,并

符合生物安全法的有关规定。测序区域应具备满足测序仪等设备正常运行所必需

的实验室洁净度、温湿度、防震和光照等条件。实验室应依据所用设备和实验过

程的要求,满足对环境温湿度的要求并进行监控。各实验区应安放专用的仪器设

备。不同区域的仪器设备、一次性耗材等物品不应混用。

2.2人员要求

检测人员应具备检验资质并经过省级及以上具有资质的机构的培训并取得

临床基因扩增检验技术上岗证。

从事生物信息学分析的人员应熟练掌握人类遗传学知识,具备对高通量测序

数据进行分析和基因变异解读的能力。变异解读等关键岗位的人员应掌握足够的

医学知识,熟悉相关疾病的临床表型,并定期学习国内外专业学会发布的人类基

因组变异解读的相关指南和标准。实验室应定期对检测人员进行培训。

新上岗的人员应完成岗前培训、考核和能力评估,在合格后方能独立开展检

测。应妥善保存培训记录、考核资料和评估记录。

2.3仪器设备、试剂及关键耗材要求

实验室应建立仪器设备使用、维护、检定校准的程序文件,并按照文件严格

执行。影响检测结果的关键仪器设备应定期进行检定/校准,并有合格的校准报告。

所有试剂均应严格按照要求妥善保存并在有效期内使用。关键耗材(离心管、

吸头等)应不含抑制物。应选用带滤芯的吸头。不同批号的试剂组分不能混用。

3样品要求

在采集样品时应选择正确的采集/储存容器,并采集足够量的样品。样品采集

完成后,应在容器外标明样品的编号、种类、患者姓名以及采样日期。应按照相

关规定对样品进行包装和运输。样品