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多序列比对软件Clustalw使用方法--第1页
多序列比对软件Clustalw使用方法
2011年06月23日星期四16:44
Clustal的基本思想是基于相似序列通常具有进化相关性这一假设。比对过程
中，先对所有的序列进行两两比对并计算它们的相似性分数值，然后根据相似性分
数值将它们分成若干组，并在每组之间进行比对，计算相似性分数值。根据相似性
分数值继续分组比对，直到得到最终比对结果。比对过程中，相似性程度较高的序
列先进行比对，而距离较远的序列添加在后面。作为程序的一部分，Clusal可以
输出用于构建进化树的数据。
Clustal程序有许多版本，ClustalW(Thompson等，1994)，根据对亲缘关系较
近的序列间空位情况，确定如何在亲缘关系较远的序列之间插入空位。同样，相似
性较高的序列比对结果中的残基突变信息，可用于改变某个特殊位置空位罚分值的
大小，推测该位点的序列变异性。ClustalW是一种渐进的多序列比对方法，先将
多个序列两两比对构建距离矩阵，反应序列之间两两关系;然后根据距离矩阵计算
产生系统进化指导树，对关系密切的序列进行加权;然后从最紧密的两条序列开
始，逐步引入临近的序列并不断重新构建比对，直到所有序列都被加入为止。
ClustalX是CLUSTAL多重序列比对程序的Windows版本。ClustalX为进行多
重序列和轮廓比对和分析结果提供一个整体的环境。
软件下载地址:
使用步骤如下:
Step1:软件初始化界面
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Step2:选择1进入如下界面
Step3:输入序列名1Seq_650_300.txt.txt进入如下界面
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Step4:选择2进入如下界面
Step5:选择9进入如下界面
Step6:选择1进入如下界面
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Step7:选择4进入如下界面
Step8:选择0进入如下界面
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Step9:直接按Enter键后进入如下界面
Step10:输入X键后进入如下界面
Step11:输入H键后进入如下界面
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Step12:输入X键后进入如下界面
Step13:输入X键后进入如下界面
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Step14:再次输入X键后退出界面。
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