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有机肥中大肠杆菌活菌PMA-qPCR快速测定
1范围
本标准规定了有机肥料中大肠杆菌活菌采用PMA-qPCR快速测定方法的技术要求。本标准适用于有机肥料中大肠杆菌活菌的检测。
2规范性引用文件
下列文件中的条款通过本标准的引用而成为本标准的条款。凡是注日期的引用文件,仅注日期的版本适用于本文件。凡是不注日期的引用文件,其必威体育精装版版本(包括所有的修改单)适用于本文件。
GB/T6682分析实验室用水规格和试验方法GB19489实验室生物安全通用要求
NY525-2012有机肥料
3术语和定义
下列术语和定义适用于本文件。
3.1PMA(叠氮溴化丙锭)PropidiumMonoazide
一种具有高亲和力的光敏反应DNA结合染料。染料自身的荧光非常微弱,但是结合核酸后荧光信号很强。
3.2实时定量PCR(qPCR)QuantitativeReal-timePCR
在PCR反应体系中加入荧光基团,利用荧光信号的积累实时监控整个PCR扩增过程。
3.3Ct值cyclethreshold
每个反应管内的荧光信号达到设定的阈值时所经历的循环数。
4原理
叠氮溴化丙锭(PMA)能够透过死菌细胞膜,在强光照射下可与其DNA发生不可逆转的结合,使死菌DNA不能作为模板进行PCR扩增,而活菌能进行PCR扩增。
5引物
目的基因:uidA
上游引物序列UAL1939b:5’-ATGGAATTTCGCCGATTTTGC-3’下游引物序列UAL2015b:5’-ATTGTTTGCCTCCCTGCTGC-3’
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6试剂
6.1PMA试剂
6.1.1PMA储备液
将1mgPMA染料溶解于200μL20%的DMSO(dimethylsulfoxide,二甲基亚砜)溶液中,充分溶解并混匀,制成5μg/μL的储存液,于-20°C避光保存。
6.1.2PMA工作液
将PMA储备液以20%DMSO溶液稀释10倍。
6.2DNA提取试剂盒
主要包括:裂解液、清洗液、洗脱液、磁珠。于室温保存(16~30℃),置于阴凉干燥处。使用之前检查产品有效期,请勿使用过期试剂。
6.3SYBR?PremixExTaqTM(TliRNaseHPlus)
SYBR?PremixExTaqTM(TliRNaseHPlus)内含:TaKaRaExTaqHS,dNTPMixture,Mg2+,TliRNaseH,SYBR?GreenI。
配套RoxReferenceDye或RoxReferenceDyeII,用以校正孔与孔之间产生的荧光信号误差。
6.4qPCR标准品制备
采用LB或BHI培养大肠杆菌标准菌株,取1mL菌悬液以8000r/min的转速离心10min以收集菌体,提取其全基因组DNA。采用微量分光光度计测得DNA浓度,按(1)式换算成基因的拷贝数:
基因拷贝数=全基×660×NA…………(1)
式中:
DNA浓度——copies/μL
全基因组大小——大肠杆菌全基因组大小NA——阿伏伽德罗常数6.02×1023
目标基因经PCR扩增后将特异性引物连接进载体,经过酶切鉴定、测序分析、质粒的提取等步骤获得大肠杆菌DNA标准品。使用时将DNA以10倍梯度稀释得到大肠杆菌qPCR系列标准品。
6.5磷酸缓冲盐溶液(PBS)
6.5.1A液(0.2mol/L磷酸二氢钠水溶液):NaH2PO4·H2O27.6g,先用适量蒸馏水溶解,最后用蒸馏水稀释至1000mL。
6.5.2B液(0.2mol/L磷酸氢二钠水溶液):Na2HPO4·7H2O53.6g(或Na2HPO4·12H2O71.6g或Na2HPO4·2H2O35.6g),先用适量蒸馏水溶解,最后用蒸馏水稀释至1000mL。
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6.5.30.01mol/LPBS的配制:A液14mL,B液36mL,加氯化钠8.5g,最后用蒸馏水稀释至1000mL,于121℃,15min高压灭菌,4℃保存备用。
6.695%乙醇
7主要仪器设备
PMA-LiteTMLEDPhotolysisDevice(E90002)光解仪、恒温震荡培养箱、恒温金属浴、低温离心机、微型孔板离心机、漩涡震荡器、核酸提取仪、qPCR仪、超微量分光光度计等。
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