蛋白质分析与蛋白质组学.ppt

（二）蛋白质二级结构预测以已知三维结构和二级结构的蛋白质为依据二级结构是指α螺旋和β折叠等规则的蛋白质局部结构元件。不同的氨基酸残基对于形成不同的二级结构元件具有不同的倾向性，这构成了进行二级结构预测的基础。二级结构预测常用方法有：nnPredict，PredictProtein，SOPMA，COILS，TMpred，SignalP等。三、蛋白质分析软件与数据库第31页，共70页，星期日，2025年，2月5日（三）蛋白质三级结构预测是最复杂和最困难的预测技术蛋白质结构预测最终是要从蛋白质的氨基酸序列预测出其三维空间结构。由于蛋白质的折叠过程仍然不十分明了，从理论上解决蛋白质折叠的问题仍较困难。有一定作用的三维结构预测方法最常见的是“同源模建”和“Threading”方法。三、蛋白质分析软件与数据库第32页，共70页，星期日，2025年，2月5日（四）蛋白质功能预测主要根据序列预测功能思路及一般流程为：通过相似序列的数据库比对确定功能。确定序列特性，如疏水性、跨膜螺旋和前导序列等。通过序列模体数据库等的比对确定功能，查未知序列是否包含保守序列模体。查对有哪些信誉好的足球投注网站Prosite等数据库最终预测蛋白质功能。三、蛋白质分析软件与数据库第33页，共70页，星期日，2025年，2月5日（五）蛋白质分析有很多其他非在线软件包工具除了在线分析工具之外，尚有很多非在线的蛋白质分析软件包工具得以开发如：AnthePro，PSAAM，VHMPT，MPEx等。三、蛋白质分析软件与数据库第34页，共70页，星期日，2025年，2月5日（六）常用蛋白质一次序列数据库有PIR、SwissProt、NRL-3D、TrEMBL、GenPept等（七）蛋白质二次序列数据库是由一级序列数据库整合而来的复合数据库将一次数据库整合起来构建成复合数据库或二次数据库，更有利于生物学家的使用。蛋白质序列二次数据库主要有：Prosite，OWL，NRDB等。三、蛋白质分析软件与数据库第35页，共70页，星期日，2025年，2月5日（八）蛋白质一次结构数据库有PDB、SCOP、CATH等蛋白质空间结构数据库是生物大分子结构数据库的主要组成部分，是随X射线晶体衍射分子结构测定技术的出现而出现的数据库，其基本内容为实验测定的蛋白质分子空间结构原子坐标。三、蛋白质分析软件与数据库第36页，共70页，星期日，2025年，2月5日（九）蛋白质二次结构数据库如：蛋白质二级结构构象参数数据库（DSSP）、蛋白质家族数据库（FSSP）、同源蛋白质数据库（HSSP）等。三、蛋白质分析软件与数据库第37页，共70页，星期日，2025年，2月5日第三节蛋白质组学数据的获取与分析一、二维凝胶电泳分析技术二、蛋白质组质谱分析技术三、蛋白质芯片分析技术四、酵母双杂交系统五、RosenttaStone方法六、蛋白质组学分析软件与数据库第38页，共70页，星期日，2025年，2月5日一、二维凝胶电泳分析技术二维凝胶电泳(two-dimensionalelectrophoresis，2-DE)是目前所有电泳技术中分辨率最高、信息最多的技术第39页，共70页，星期日，2025年，2月5日（一）二维凝胶电泳技术的定义及特点第一向是等电聚焦(isoelectricfocusing，IEF)，蛋白质沿pH梯度分离至各自的等电点。第二向是SDS聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS)，蛋白质进行分子量的分离。固相pH梯度-SDS双向凝胶电泳(IPG-DALT电泳)是目前最常用的2DE技术。一、二维凝胶电泳分析技术第40页，共70页，星期日，2025年，2月5日（二）IPG-DALT电泳是目前分辨率最高的电泳方法1.样品制备2.蛋白质定量3.一向电泳4.一向胶条的平衡5.二向电泳6.凝胶检测一、二维凝胶电泳分析技术第41页，共70页，星期日，2025年，2月5日质谱分析法是按照离子的质荷比（m/z）大小对离子进行分离和测定从而对样品进行定性和定量分析的一种方法。自20世纪初产生起，质谱已成为连接蛋白质与基因的重要技术，是蛋白质组研究中发展最快，也最具活力和潜力的技术。二、蛋白质组质谱分析技术第42页，共70页，星期日，2025年，2月5日（一）质谱仪是质谱分析技术的重要科学实验仪器质谱仪(massspectrometer,MS)是利用电磁学原理使离子按照质荷比进