海南长臂猿Nomascus+hainanus种群扩大后的遗传变化分析.pdf

目录

摘要I

ABSTRACTIII

第一章引言1

1.1极小种群遗传多样性保护1

1.2微卫星和线粒体DNA控制区分子标记2

1.2.1微卫星和线粒体DNA控制区分子标记概述2

1.2.2非损伤性样品选择3

1.3分子标记在我国濒危野生动物保护遗传学研究中的应用4

1.4海南长臂猿的遗传多样性研究6

1.4.1海南长臂猿概述6

1.4.2海南长臂猿的种群数量变化7

1.4.3海南长臂猿的遗传学研究进展8

1.4.4海南长臂猿种群的性别比例研究进展9

1.4.5海南长臂猿遗传多样性研究的局限性因素10

1.5本研究的目的和意义10

第二章样品采集与DNA提取12

2.1研究地概况12

2.2样品采集工作12

2.2.1各家庭群中不同长臂猿个体识别判断12

2.2.2新鲜粪便样品的采集及保存方法14

2.2.3海南长臂猿追踪和粪便样品采集要点15

2.3DNA提取与质量检测18

2.3.1DNA提取18

2.3.2DNA质量检测19

第三章基于微卫星的遗传多样性研究23

3.1微卫星分子标记PCR扩增实验23

3.2微卫星PCR扩增产物片段长度检测25

3.3微卫星数据分析方法25

3.3.1微卫星分型读数及数据有效性检验方法25

3.3.2检验微卫星个体识别能力的方法27

3.3.3性别鉴定的方法27

3.3.4微卫星连锁不平衡检测、Hardy-Weinberg平衡检测的方

法29

3.3.5微卫星数据计算遗传多样性的方法29

3.3.6微卫星数据分析亲缘关系的方法30

3.3.7微卫星数据计算有效种群大小的方法31

3.3.8微卫星遗传瓶颈验证的方法31

3.4基于微卫星的遗传多样性研究结果32

3.4.1微卫星数据的有效性检验32

3.4.2个体识别分析32

3.4.3性别鉴定33

3.4.4微卫星位点的连锁不平衡与哈迪-温伯格平衡检验35

3.4.5海南长臂猿种群遗传瓶颈检验36

3.4.6微卫星遗传多样性38

3.4.7海南长臂猿的父母对匹配及遗传关系网络41

3.4.8有效种群大小42

第四章基于线粒体DNA控制区的遗传多样性研究43

4.1线粒体D-loop区PCR扩增测序实验43

4.2线粒体D-loop区测序数据分析方法44

4.2.1测序数据拼接与检查方法44

4.2.2序列比对与碱基组成计算方法44

4.2.3系统发育树构建方法45

4.2.4单倍型网络的构建方法45

4.2.5线粒体D-loop区序列多态性分析和中性检验方法45

4.2.6分子方差分析方法45

4.3基于线粒体D-loop区的遗传多样性研究结果45

4.3.1线粒体D-loop区序列宿主来源比对45

4.3.2线粒体D-loop区序列变异位点与碱基组成46

4.3.3基于线粒体D-loop区的系统发育分析47

4.3.4基于线粒体D-loop区序列构建单倍型网络47

4.3.5线粒体D-loop区序列多态性分析和中性检验48

4.3.6基于微卫星和D-loop数据的分子方差分析49

第五章讨论