云南越桔T2T基因组测序及GST基因家族全基因组分析.pdf

目录

摘要I

AbstractIV

第一章前言1

1.1引言1

1.2国内外研究现状3

1.2.1国内外蓝莓产业发展3

1.2.2国内越桔种质资源及云南越桔4

1.2.3T2T基因组研究现状5

1.2.4蓝莓富含丰富的花青素6

1.2.5GST基因家族9

1.3本研究的目的及意义10

第二章云南越桔T2T基因组组装及注释11

2.1引言11

2.2材料与方法11

2.2.1植物材料11

2.2.2测序数据过滤12

2.2.3T2T基因组组装13

2.2.4组装质量评估15

2.2.5端粒和着丝粒的鉴定16

2.2.6重复序列注释16

2.2.7基因结构预测16

2.2.8BUSCO评价及基因功能、非编码RNA注释19

2.3结果与分析21

2.3.1基因组组装和质量评估21

2.3.2组装注释29

2.4小结与讨论33

第三章越桔属基因组及基因家族进化分析34

3.1引言34

3.2材料与方法35

3.2.1越桔属基因组基因家族筛选及聚类分析35

3.2.2Ka/Ks及MCScanX基因共线性分析35

3.2.3基因家族GO和KEGG注释及系统进化树构建35

3.3结果与分析36

3.3.1同源基因家族鉴定36

3.3.2基因家族进化分析37

3.3.3比较基因组学及Ka/Ks进化分析38

3.3.4基因家族筛选及功能注释40

3.4小结与讨论43

第四章云南越桔糖和酸积累及关键基因挖掘44

4.1引言44

4.2材料与方法44

4.2.1云南越桔器官及不同果期代谢组分析44

4.2.2云南越桔器官及不同果期转录组分析45

4.2.3差异表达基因的筛选和富集分析45

4.2.4WGCNA分析45

4.2.5启动子及保守结构域分析45

4.2.6基因家族系统发育分析45

4.3结果与分析46

4.3.1云南越桔器官和不同果期可溶性糖和有机酸的积累46

4.3.2花青素苷积累的关键调控因子49

4.3.3F35H基因生物信息学分析53

4.4小结与讨论54

第五章云南越桔GST全基因家族鉴定及分析56

5.1引言56

5.2材料与方法56

5.2.1云南越桔GST基因家族鉴定56

5.2.2VdGSTs基因家族染色体定位、基因结构预测及motif组

成57

5.2.3云南越桔与4个物种比较基因组学分析57

5.2.4VdGST基因启动子顺式作用元件的预测57

5.2.5基于RNA-seq数据的VdGSTs基因表达分析58

5.2.6转录组数据的qRT-PCR验证58

5.2.7VdGSTF11亚细胞定位分析58

5.3结果与分析59

5.3.1VdGSTs基因家族成员鉴定和生物信息学分析59

5.3.2VdGSTs基因家族的系统发育分析66

5.3.3VdGSTs基因家族的染色体定位及共线性分析67

5.3.4不同物种中VdGSTs基因复制、合成和进化分析69

5.3.5