《基于孕妇外周血浆游离DNA高通量测序无创产前筛查胎儿基因组疾病技术标准（征求意见稿）》编制说明.pdf

附件2

《基于孕妇外周血浆游离DNA高通量测序

无创产前筛查胎儿基因组疾病技术标准

（征求意见稿）》编制说明

一、工作简况

（一）任务来源

1、编制背景

基因组水平的微缺失微重复在人群中的携带率可达1/270，

孕妇群体中其胎儿携带具临床意义pCNV的比例可达1.6%-1.7%，

远高于21、18、13三体综合征0.2%的发生率，并且pCNV是导

致胎儿先天畸形、智力障碍等出生缺陷的重要遗传原因之一，因

此开展胎儿pCNV的产前筛查及产前诊断对出生缺陷的防控有重

大意义。

NIPS技术自临床应用以来已为超过1000万名孕妇筛查胎儿

罹患非整倍体风险。除了21、18、13三体综合征外，基于全基

因组范围高通量测序的NIPS技术还同时筛查到了大量的其他常

染色体、性染色体和pCNV的高风险，在pCNV的产前筛查上已积

累了大量的临床数据和应用经验。研究表明，对于片段大于6Mb

的pCNV，NIPS的筛查效率已可达83%-90.9%，并且随着胎儿游

离DNA浓度富集及加大测序深度、生物信息分析流程的进一步优

化等，诸如Digeorge综合征等3Mb左右的pCNV的PPV也达到

92.9%，因此利用NIPS高通量测序筛查胎儿基因组疾病在技术上

已具备临床应用可行性。

对于NIPS筛查基因组疾病或pCNV，国外权威学术机构如

ACMG、ISPD均以指南或声明的形式指出，在做好知情同意，明确

待检测pCNV的检出率、特异性、PPV、NPV等指标前提下，可以

针对临床意义明确、表型严重的pCNV进行筛查。2020年ACOG关

于筛查胎儿染色体异常的临床声明中虽然因临床验证数据的不

充分而暂不推荐开展pCNV的筛查，但同时指出NIPS如果发现

pCNV应该进行后续验证。因此，从临床应用角度来看，在临床前

期实验数据充分、各项关键指标明确的前提下，可以对发生率高、

致病性严重的pCNV进行NIPS筛查。

2、必要性

（1）国内开展NIPS筛查胎儿基因组疾病存在的问题

①缺乏技术规范：如前所述，国内外目前均没有针对NIPS

筛查胎儿基因组疾病发布过相关技术规范或指导文件。

②检测平台多样化：目前NIPS临床应用有多种技术平台，

不同的技术平台测序原理不一致，产生的数据量不一致，相同的

平台和检测方法也可能参考不一致的技术标准。因此如果没有统

一的技术标准，不同平台、不同方法进行NIPS筛查pCNV的效能

就可能会出现严重的不一致性。

③检测和报告pCNV范围的不一致性：目前对NIPS筛查pCNV

目标疾病和报告范围尚没有形成共识，筛查和报告的pCNV从9

种到88种甚至还有100多种。对这些拟筛查和报告的pCNV，绝

大部分缺乏临床循证证据，没有筛查效能（检出率、假阴性、假

阳性、PPV、NPV等）评估，容易导致大量经济和医疗资源浪费及

潜在的医疗纠纷。

（2）制定NIPS高通量测序筛查胎儿基因组疾病技术标准的

必要性

由于NIPS筛查的是来源于胎盘的游离DNA，受疾病发生率、

假阳性率、胎儿游离DNA浓度、测序深度、pCNV片段大小等多种

因素的影响，NIPS筛查pCNV的效能无法达到筛查21三体的效

能，仍有很多pCNV不能有效筛出，需要在检测前充分告知。同

时NIPS也可筛出大量的临床意义未明CNV或对胎儿产生的影响

不严重的pCNV，这类CNV均不建议纳入到筛查和报告范围内。

综上，NIPS筛查胎儿基因组疾病在技术层面已具备条件，针

对一些临床后果严重、疾病发生率高且前期数据积累证明其检出

率、PPV均较理想的pCNV开展临床应用对防控出生缺陷具有重

要的意义，但亟需出台详细的技术规范，明确筛查的目标疾病及

全流程质量控制要点，规范此技术的临床应用。

（二）协作单位

本标准起草的主编单位：广东省妇幼保健院。

本标准起草的参与单位：广州医科大学附属第三医院、中山

大学附属第三医院、中南大学生科院遗传系、浙江大学医学院附

属妇产科医院、空军军医大学第一附属