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唾液乳杆菌的分离鉴定及其全基因组分析

目录

内容简述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．3

1.1研究背景与意义．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．3

1.2研究目的与任务．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．4

1.3国内外研究现状与发展趋势．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．5

材料与方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．6

2.1实验材料与仪器．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．7

2.2微生物培养基．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．8

2.3分离技术．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．9

2.4鉴定技术．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．10

2.5全基因组测序方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．11

2.6数据分析方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．12

唾液乳杆菌的分离鉴定．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．13

3.1样本采集与处理．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．14

3.2分离培养过程．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．16

3.3形态学观察．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．17

3.4生理生化特性分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．18

3.5分子生物学鉴定．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．19

3.5.116SrRNA基因序列测定．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．20

3.5.2dnaDNA提取与PCR扩增．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．21

3.5.3序列比对与系统发育分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．27

3.5.4构建进化树．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．28

3.6抗生素敏感性测试．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．29

唾液乳杆菌的全基因组分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．30

4.1基因组DNA提取．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．31

4.2高通量测序平台选择与准备．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．32

4.3组装与注释．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．34

4.3.1基因组组装．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．34

4.3.2功能注释与预测．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．35

4.3.3转录组测序数据获取．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．36

4.4基因组结构与功能分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．38

4.4.1基因组重复序列分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．39

4.4.2基因组复制起点识别．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．40

4.4.3基因组注释结果整合．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．41

4.4.4基因表达模式分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．42

4.5基因组变异与进化分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．43

4.5.1单核苷酸多态性(snp)分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．44

4.5.2插入缺失序列(indels)分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．45

4.5.3全基