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甜瓜CmSULTR基因家族的全基因组鉴定与表达分析
目录
甜瓜CmSULTR基因家族的全基因组鉴定与表达分析（1）．．．．．．．．．．．3
一、内容简述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．3
1.1甜瓜的重要性．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．3
1.2SULTR基因家族的介绍及其研究价值．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．4
1.3研究目的与问题提出．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．5
二、研究方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．6
2.1甜瓜基因组数据的获取与处理．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．7
2.2SULTR基因家族的鉴定与筛选．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．8
2.3生物信息学分析方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．9
三、甜瓜CmSULTR基因家族的鉴定．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．10
3.1基因家族的确定与特点分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．11
3.2家族成员的结构与功能域分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．12
3.3系统进化树的构建及分类．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．13
四、甜瓜CmSULTR基因家族的表达分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．14
4.1表达模式的时空差异分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．15
4.2不同组织器官中的表达水平分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．16
4.3响应生物胁迫与非生物胁迫的表达变化．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．17
五、讨论．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．18
5.1甜瓜CmSULTR基因家族的表达模式与功能关系．．．．．．．．．．．．．．．19
5.2与其他物种SULTR基因家族的对比与分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．21
5.3本研究的优点与局限性．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．22
六、结论．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．23
6.1研究成果总结．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．24
6.2对未来研究的建议与展望．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．25
甜瓜CmSULTR基因家族的全基因组鉴定与表达分析（2）．．．．．．．．．．26
一、内容描述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．26
研究背景及意义．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．27
研究目的和任务．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．27
二、甜瓜基因组概述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．29
甜瓜基因组特点．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．29
基因组测序及组装情况．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．31
三、CmSULTR基因家族的鉴定．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．31
基因序列的获取与分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．32
基因家族的鉴定与命名规则．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．33
基因家族成员的分类和特点．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．34
四、CmSULTR基因家族的全基因组分布．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．35
基因家族在染色体上的分布．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．36
基因家族的拷贝数变异．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．36
五、CmSULTR基因家族的表达分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．38
表达模式的获取与分析方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．
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