转录组测序技术原理及应用.ppt

应用---优化转录组注释信息基因结构优化可变剪接鉴定基因融合鉴定RNA水平SNP分析第31页，共53页，星期日，2025年，2月5日GenomicintergenicregionReadsclusterPairedReadsdistribution优化基因结构

鉴定新的转录本Paired-End(PE)ReadsReads比对到参考序列基因间区域第32页，共53页，星期日，2025年，2月5日鉴定可变剪接（AlternativeSplicing）exon1exon2exon3exon1exon2exon3exon1exon3commonreadsjunctionreadsmRNA第33页，共53页，星期日，2025年，2月5日鉴定基因融合PairedReadsSingleReadsGeneAGeneB第34页，共53页，星期日，2025年，2月5日分析RNA水平SNP转录组重测序比对软件：SOAPDenovo转录组测序:组装软件：SoapDenovo比对软件：SoapSNP第35页，共53页，星期日，2025年，2月5日*转录组研究技术横向比较TechnologyTilingArraycDNAorESTsequesingTranscriptomeSequencingPrincipleHybridizationSangersequencingNext-GensequencingResolutionFromseveralto100SinglebaseSinglebaseThroughputHighLowHighRelianceongenomicsequenceYesNoInsomecasesBackgroundnoiseHighLowLowApplicationSimutaneouslymaptranscribedregionsandgeneexpressionYesLimitedforexpressionYesDynamicrangetoquantifygeneexpressionlevelUptoafew-hundredfoldNotpractical8,000-foldAbilitytodistinguishdifferentisoformsandallelicexpressionLimitedYesYes第36页，共53页，星期日，2025年，2月5日转录组测序的优势RNA测序与芯片检测基因数比较RNA测序与芯片检测基因的表达量分布Technique1第37页，共53页，星期日，2025年，2月5日GenomeRes2010Case实验材料收集：叶片，花序,果实,根时间点：0,4,8,12,16,20和24h将每个时间点采集的样品均匀混合测序策略：Illumina测序，1Gdata第38页，共53页，星期日，2025年，2月5日1.Highlight2.Heat3.Cold4.Salt5.Drought抗逆相关可变剪接第39页，共53页，星期日，2025年，2月5日外包膜蛋白16(AT2G28900)Intron-retentionControlLowTemperatureResistance低温胁迫相关的AS低温胁迫下这个内含子和对照相比被保留了下来，揭示了可变剪接有重要功能。第40页，共53页，星期日，2025年，2月5日AS调节机制CCA1生物钟相关基因，例如调节气孔的开关等第41页，共53页，星期日，2025年，2月5日RNA-Seq单端测序（Quantification）等同于数字表达谱(DGE)第42页，共53页，星期日，2025年，2月5日WorkflowofRNA-Seq单端测序（Quantification）生物信息学分析第43页，共53页，星期日，2025年，2月5日RNA-Seq单端测序（Quantification）生物信息分析内容测序数据评估筛选差异表达基因表达模式聚类分析GO功能富集分析Pathway富集分析蛋白互作网络分析第44页，共53页，星期日，2025年，2月5日RNA-Seq单端测序（Quantification）信息分析