生物信息学导论.pptVIP

生物信息学引论钟扬(复旦大学/西藏大学)

课程内容1.?????分子生物学数据库2.?????BLAST工具3.?????EST拼接和电子克隆4.?????序列对位排列5.?????分子进化根底6.?????分子系统发育分析方法7.?????进化分析及其应用8.?????基因组分析9.?????工作流(KDE)及其应用10.?基因表达数据处理

什么是生物信息学？80年代末随着人类基因组方案启动而兴起的一门新兴交叉学科生命科学中的信息科学基因组相关信息的快速增长(方法与技术需求)新药开发等(企业需求)生物信息学(Bioinformatics)与计算生物学(ComputationalBiology)

Luscombe,N.M.etal.,2001.Whatisbioinformatics?MethodsofInformationinMedicine40:346-358.

数据挖掘(DataMining)关联Associating分类Classifying建模与模拟ModellingSimulating预测与检验PredictingTesting

发生在Wal*Mart的真实故事理念：相关联的货物最好摆在一起问题：啤酒和什么货物关联？可能的答案：花生米？红肠？……从上百万张收银单获得的答案：尿布！

数据仓库(DataWarehouse)和数据挖掘(DataMining)数据仓库的定义()：面向主题的、集成的、稳定的、历史的数据集合，用于支持战略决策制订(而传统的操作型数据库是面向应用的、细节的、可更新的、瞬时的)1〕面向主题的：每个主题对应于一个宏观分析领域2〕集成的：入库之前，要进行加工集成(转成面向主题的)3〕稳定的：几乎不更新〔覆盖〕4〕历史的：一般要用到过去5-10年的数据数据挖掘的定义：一种决策支持过程，主要基于人工智能、机器学习、统计学等技术，高度自动化地分析原始数据，做出正确的决策

数据挖掘从大量的、不完整的、有噪声的、模糊的、随机的……数据中,提取隐含其中的、人们事先不知道的、潜在有用的……信息和知识的过程、技术……

流感的预测〔网上数据挖掘〕

具体方法AutomatedqueryselectionprocessComputationandpre-filteringConstructingtheILI-relatedqueryfractionFittingandvalidatingafinalmodelState-levelmodelvalidation

休息一下……

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分子生物学数据库(门户网站)NCBI(TheNationalCenterforBiotechnologyInformation)EMBnet(TheEuropeanMolecularBiologyNetwork)北京大学生物信息学效劳器中国科学院上海生命科学研究院(BioSino)上海生物信息技术研究中心

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