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生物信息学在基因组数据分析中的应用
目录
内容简述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．3
1.1生物信息学的定义．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．3
1.2基因组数据分析的重要性．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．4
1.3生物信息学在基因组数据分析中的应用背景．．．．．．．．．．．．．．．．．5
基因组数据分析的基本概念．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．6
2.1基因组．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．7
2.2基因组测序技术．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．8
2.3基因组数据分析流程．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．9
生物信息学在基因组数据分析中的应用方法．．．．．．．．．．．．．．．．．10
3.1数据预处理．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．11
3.1.1质量控制．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．12
3.1.2数据清洗．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．13
3.2基因识别与注释．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．14
3.2.1基因预测．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．14
3.2.2基因功能注释．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．15
3.3基因表达分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．17
3.3.1微阵列数据分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．17
3.3.2RNA测序数据分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．18
3.4基因调控网络分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．19
3.4.1调控网络构建．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．20
3.4.2调控网络功能预测．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．21
3.5基因变异分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．22
3.5.1单核苷酸多态性分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．23
3.5.2基因拷贝数变异分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．24
生物信息学在基因组数据分析中的工具与软件．．．．．．．．．．．．．．．26
4.1常用生物信息学数据库．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．27
4.1.1基因组数据库．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．28
4.1.2蛋白质数据库．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．28
4.2基因组数据分析软件．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．29
4.2.1数据预处理工具．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．30
4.2.2基因识别与注释工具．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．31
4.2.3基因表达分析工具．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．32
4.2.4基因调控网络分析工具．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．33
4.2.5基因变异分析工具．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．34
生物信息学在基因组数据分析中的案例研究．．．．．．．．．．．．．．．．．35
5.1案例一．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．36
5.2案例二．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．36
5.3案例三．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．
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