生物信息学常用软件.pptVIP

王双双2015年9月16日生物信息常用软件

为什么要学软件生物学研究的目的=解释生物学现象及意义拿到的数据=不直观的字符从数据到形成理论，需要软件来帮助实现

常用软件类型基因组序列分析、序列比对软件〔GCG、BLAST、CLUSTAL等〕系统发育树构造软件〔PHYLIP、PALM、MEGA4等〕分子动力学模拟软件〔GROMACS、NAMD等〕……

怎样选择软件功能类似的软件数不胜数，每一个都要试试？

序列比对1全局比对衡量两条序列整体的相似性，即寻找一种联配方式，使整体相似性最大化。Clustal，muscle，hmmer2局部比对不必对两个完整的序列进行比对；可以在每个序列中使用某些局部来获得最优匹配。BLAST,BLAT

CLUSTALXClustalx初始界面

上传序列文件：点击file下拉菜单，选择loadsequences。

序列加载完成的界面

进行多序列联配选择输出路径→

比对结果

.aln结果文件

.dnd文件：可选择不同的树形图

BLAST序列中可能包含一段着一段短的精确匹配的区域，或者分数非常高的一段联配区域。寻找这样的区域，然后向首尾两端延伸，找到完整的联配。NCBIblast下载：ftp:///blast/executables/blast+/LATEST/安装：解压：tar–xvzf

Blast类型Blastp：蛋白质序列与蛋白库比对Blastx：核酸序列与蛋白质库比对Blastn：核酸序列与核酸库比对Tblastn：蛋白序列与核酸库比对Tblastx：核酸序列与核酸库在蛋白级别比对

Blast的本地运行1建库./makeblastdb-in库文件路径名+文件名–dbtypenucl(pro)–title库名称–out输出路径+库名称2序列比对./blastn–query路径和文件名–db库路径和名臣-taskblastn–num_threadsn–dustno–outfmtn–out输出路径和文件名3查看帮助文件./blastn-h

Blast输出类型

sim4将表达序列与同物种或相近物种的基因组序列进行比照，进而确定基因结构。下载：页面提供安装步骤：解压gunzipsim4.tar.gz|tar-xvf–进入解压文件夹cdsim4.*编译make

使用及输出结果Sim4file1file2outfile

构建系统发育树

综合应用软件综合应用软件功能多样，可以用于序列比对，PCR引物设计，限制性酶切分析，质粒绘图，蛋白分析等等。DNAMANEMBOSS

Eprimer3设计引物

eprimer3?G:\seq.fa?G:\a.txt??-mintm?55.0?-maxtm?60.0?-mingc?40.0?-maxgc?60.0??-productsizerange?100-200?-productosize?120?-numreturn?10

作业自选序列，用mega做一个系统发育树作业请交至邮箱swxxpx2015@126邮件名及压缩包名均为：第三次作业-名字

谢谢大家