利用转录组与一代测序技术研究燕山红玉肉鸡屠宰性状相关基因.docxVIP

利用转录组与一代测序技术研究燕山红玉肉鸡屠宰性状相关基因

目录

一、内容概要．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．3

1.1研究背景．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．3

1.2研究意义．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．4

1.3研究目的与内容．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．4

二、材料与方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．5

2.1实验材料．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．6

2.1.1样本来源．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．7

2.1.2样本分组．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．7

2.2实验设计．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．8

2.2.1转录组分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．8

2.2.2一代测序技术．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．9

2.3数据收集与处理．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．10

2.3.1数据来源．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．11

2.3.2数据清洗．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．12

2.3.3数据分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．13

三、转录组数据分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．14

3.1转录组数据概述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．14

3.2基因表达差异分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．15

3.2.1差异表达基因筛选．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．16

3.2.2动态表达分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．17

3.3基因序列比对与功能注释．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．18

3.3.1序列比对．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．19

3.3.2功能注释与代谢通路分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．20

四、一代测序数据分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．20

4.1测序数据概述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．21

4.2基因型鉴定与遗传多样性分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．22

4.2.1基因型鉴定．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．23

4.2.2遗传多样性分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．23

4.3基因功能预测与分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．24

4.3.1功能位点预测．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．25

4.3.2功能关联分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．25

五、屠宰性状相关基因研究．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．27

5.1屠宰性状相关基因筛选．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．28

5.1.1与肌肉生长相关的基因．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．28

5.1.2与肉质相关的基因．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．29

5.1.3与脂肪代谢相关的基因．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．30

5.2基因克隆与表达验证．．．．．．．．．