药物设计理论与方法.pptVIP

三、分子三维结构表示*能量最小化和构象有哪些信誉好的足球投注网站。分子三维结构信息的获得；分子结构表示；1、分子结构的表示*C8H9NO3线型模型SticksmodelWithHydrogenAtoms线型模型SticksmodelWithoutHydrogenAtoms空间填充模型SpaceFilling(CPK)棒型模型Tubesmodel球棍模型BallsandSticks线型点状模型SticksanddotsmodelSurfaces

(/Science/Compchem/feature14.html)VdWsurfaceConnollymolecularsurfaceSolvent-accessiblesurface(LeeandRicahrds,Connolly)ExcludedvolumeVdWSurfaceConnollysurfaceProbeSolvent-accessibleSurfaceExcludedVolumeExamples*VdWSurfaceSolventAccessibleSurfaceTryptophan:MolecularSurfaceHierarchyModelofProteinStructureThesecondarystructureisthebasicstructureunit蛋白结构的表示*α碳图模型Cαplotmodel缎带模型Ribbonmodel卡通模型Cartoonmodel2、分子三维结构信息的获得*X-rayCrystallographyNMRSpectroscopyComputer-generated3Dstructures构象分析和几何优化分子力学量子力学通过对衍射的位置、强度计算，读出原子坐标值，解析结构得到晶体空间结构,计算机分子模型技术可将上述数学数值和符号转化为高分辨率的分子。化合物测定须得到单晶蛋白质结晶蛋白质-药物复合物结晶X射线晶体学测得的是晶体状态下的优势构象可测定溶液中分子结构优势构象，更好代表生物环境下的分子，还能研究动力学特征。可得到蛋白质或核酸与药物相互作用的构象。量子力学：可精确计算分子和电子的性质和能量分子力学：可计算出分子的静态性质，如结构和分子能量（能量中不涉及电子能量项）分子动力学：可计算分子的动态性质，如分子的运动轨迹，也能计算出分子体系的热力学性质，如焓、熵和自由能。1Computer-generated3Dstructures2量子化学（quantumchemistry）量子化学是一门以量子力学的基本原理和方法来研究化学问题的学科。它从微观角度对分子的电子结构、成键特征和规律、各种光谱和波谱以及分子间相互作用进行研究，并藉此阐明物质的反应性以及结构和性能关系等等。量子化学学科的建立标志着化学摆脱了单一依靠实验的局面，将化学带入了一个新的时代。量子力学—研究微观粒子（电子、原子、分子）运动规律的理论。它用波函数描写粒子的运动状态，以薜定谔方程确定波函数的变化规律并对各物理量进行计算。logo从头计算方法（abinitio）以基本物理常数（Planck常量、电子质量和电量）以及元素的原子序数，不借助于任何经验参数，求解薜定谔方程计算结果精度高，可靠性大，但是计算量极大，消耗计算机时太多从头计算法的软件有Gaussian，SPARTAN等量子化学半经验计算法

Semiempiricalmethods为了回避从头计算方法的复杂运算，发展了若干种近似性更大的分子轨道理论计算方法。在物理模型上，它们都引入可调参数，体系基于Hartree-Fock-Roothaan方程，借用经验或半经验参数代替分子积分，统称为半经验(semi-empiricalmethod)分子轨道法。半经验计算法可以用于计算较大的分子体系。半经验计算法主要包括：1、完全不考虑双电子作用的单电子近似方法，如HMO、EHMO法等；2、通常所说的半经验量子化学计算方法，主要指的是建立在零微分重叠（ZeroDifferentialOverlap,ZDO）近似基础上的计算方法，该方法忽略积分值很小、且运算复杂的双电子积分。如CNDO、INDO、NDDO、改进的MINDO、MNDO以及AM1和PM3等分子力学方法*分子力学又称分子力场，基于经典牛顿力学方程的一种计算分子的平衡结构和能量的方法，来研究分子体系的结构和性质：将原子看成大小不同的橡皮球，把化学键看成长度不等的弹簧，原子之间的