基于Nanopore技术的马铃薯甲虫全基因组转录组测序研究.docxVIP

基于Nanopore技术的马铃薯甲虫全基因组转录组测序研究

目录

内容概述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．3

1.1研究背景．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．3

1.1.1马铃薯甲虫的生物学特性．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．3

1.1.2Nanopore技术在生物信息学中的应用．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．4

1.2研究目的和意义．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．5

1.2.1揭示马铃薯甲虫的基因表达调控机制．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．5

1.2.2为农业害虫管理提供新的策略．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．6

1.3研究内容与方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．7

1.3.1样本收集与处理．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．8

1.3.2Nanopore测序平台介绍．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．9

1.3.3数据分析流程．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．10

1.4论文结构概述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．10

材料与方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．11

2.1实验材料．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．12

2.1.1马铃薯甲虫样本采集．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．12

2.1.2对照组样本采集．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．13

2.2实验方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．13

2.2.1Nanopore测序技术简介．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．14

2.2.2转录组数据的预处理步骤．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．14

2.2.3数据质量控制与验证．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．15

2.3数据分析方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．16

2.3.1序列比对与组装．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．17

2.3.2注释分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．18

2.3.3功能富集分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．19

2.3.4差异表达分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．20

2.4结果验证．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．20

实验结果．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．21

3.1Nanopore测序结果概览．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．22

3.1.1原始测序数据量统计．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．22

3.1.2测序深度分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．23

3.2马铃薯甲虫基因组注释．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．24

3.2.1基因预测与注释．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．25

3.2.2蛋白质结构预测．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．26

3.2.3基因家族与同源关系分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．26

3.3基因表达模式分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．27

3.3.1基因表达量的分布图．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．28

3.3.2关键基因表达模式分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．