生物大分子相互作用学习资料.ppt

任何一种疾病在表现出可察觉症状之前，体内就已经有一些蛋白质发生了变化，进而引起了相互作用关系、生物信号传递等变化。*包括两个彼此分离但功能必需的结构域***经变性聚丙烯酰胺凝胶电泳，复合物又被分开。然后经免疫印迹或质谱检测目的蛋白。**经十二烷基磺酸钠-聚丙烯酰胺凝胶电泳，复合物中的各个蛋白被分开，切胶、胰酶消化后，即可通过质谱鉴定复合物中的各个蛋白。*给数据分析工作带来了很大的不便。作为一种补充，发展理论预测方法就尤为迫切。****查Y得Q里的A和B与R里的C相似，查T得A和B间不相似。**当所使用的基因组质量和个数不同时，产生的系统发育谱就会有较大差别。*如何从序列中有效地提取蛋白质的特征以及开发有效的算法对蛋白质相互作用进行预测还需要进一步研究。*用分子力学方法或者量子化学方法计算*在二级结构基础之上的结构类型*在统计数据的基础上*PPI的大规模鉴定产生了大量互作数据，它们被存储在专门的、不断更新的数据库中。*根据能量值重新排序这些组合，保留其中能量最低的1000个。将相似结构分为一组，共20个分组。根据元素个数大于阈值的分组中S值的最大值计算亲和得分。其中Z值大于阈值的即为互作对。http://www.bi.cs.titech.ac.jp/megadock/基于二级结构的方法统计计算蛋白复合体相互作用结合区域内不同二级结构及超二级结构出现的频次二级结构α螺旋、β折叠、无规则卷曲超二级结构α拐角、α发夹、β发夹、拱形结构。计算不同结构类型出现在相互作用结合区的相对倾向值对蛋白质对进行打分将打分分值作为特征值输入支持向量机构建模型，进行预测。基于结构特征的方法蛋白质相互作用界面两条以非共价键形式结合的多肽链之间的共同区域，主要由对蛋白质结合起关键作用的、进化速率低于蛋白质表面其他部分的残基所组成。已知界面A与B存在相互作用，而表面区域a，b分别与A，B的结合位点在结构上具有相似性，从而推理a与b也存在相互作用。限制三维结构已知的蛋白质数量的有限性蛋白质互作预测数据库存储预测的PPI。PIPspbio.dundee.ac.uk/www-pips/贝叶斯分类器常用在线预测工具PREPPI/PREPPI/整合结构与非结构信息预测蛋白质互作的网络工具。PRISM.tr/prism/index.php通过设置一个相互作用界面数据集，通过比较蛋白质结构对的相互作用界面，有哪些信誉好的足球投注网站可能的相互作用对。蛋白质互作数据库※（1）HPRD（2）STRING（1）HPRD/（2）STRING/小结蛋白质-核酸相互作用蛋白质-蛋白质相互作用△※课后习题使用介绍的数据库查询与上次课查询到的蛋白质互作的蛋白质。使用介绍的方法预测其中一个蛋白质与该蛋白质的互作关系。核酸－蛋白的互作在生命活动中发挥着广泛而重要的作用,二者的协作是各种生命现象的基础。在许多的细胞生命活动中，例如DNA复制、mRNA转录与修饰以及病毒的感染等都涉及到DNA与蛋白质之间的相互作用的问题。蛋白质和RNA的相互作用在生命活动中发挥着广泛而重要的作用。在mRNA的转录、剪切、出核、定位、翻译和降解等过程中，mRNA要和一系列蛋白质结合并受它们的调控。很多结构性RNA，如核糖体RNA、剪切体RNA、snoRNA，只有和蛋白质形成复合物后才能发挥功能。将细胞或细胞器中的蛋白质、核酸等生物大分子的相互作用联系起来,是综合研究一个完整的生物学途径的核心内容。*果蝇绿：ncRNA黄：protein蓝：正确红：错误*DNA-BD和AD单独分别作用并不能激活转录反应，但是当二者在空间上充分接近时，则呈现完整的GAL4转录因子活性并可激活下游启动子，使启动子下游基因得到转录。则会启动特异基因序列的转录如果Bait和Prey之间形成蛋白-蛋白复合物，使GAL4两个结构域重新结合AD与Prey融合DNA-BD与Bait融合缺点假阳性结果限于核内表达的蛋白质的相互作用（2）免疫共沉淀技术

（co-immunoprecipitation）以抗体和抗原之间的专一性作用为基础是确定两种蛋白质在完整细胞内生理性相互作用的有效方法。当细胞在非变性条件下被裂解时，完整细胞内存在的许多蛋白质间的相互作用被保留下来在细胞裂解液中加入感兴趣蛋白的抗体和与抗体特异结合的结合于琼脂糖珠上的ProteinA或G目的蛋白-兴趣蛋白-蛋白抗体-ProteinA或G-琼脂糖珠缺点灵敏性不高假阳性受免疫球蛋白（抗体）的干扰较大（3）串联亲和纯化技术（Tandemafinitypurificat