THXCY 99-2024 紫花苜蓿高通量基因型鉴定分析技术规程.docx

ICS65.020.01

B20

团体 标准

T/HXCY99-2024

紫花苜蓿高通量基因型鉴定分析技术规程

TechnicalRegulationsforHighThroughputGenotypeIdentificationandAnalysisofAlfalfa

2024-12-21发布 2024-12-24实施

北京华夏草业产业技术创新战略联盟发布

1

I

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T/HXCY99—2024

目 次

前 言 II

范围 1

规范性引用文件 1

术语和定义 1

技术原理 1

仪器设备 2

测试方法 3

生物信息分析 4

测试报告 5

II

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T/HXCY99—2024

前 言

本文件按照GB/T1.1—2020《标准化工作导则第1部分：标准化文件的结构和起草规则》的规定起草。

本标准由北京华夏草业产业技术创新战略联盟提出并归口。

本文件起草单位：中国林业科学研究院生态保护与修复研究所、华智生物技术有限公司、内蒙古草业技术创新中心有限公司、中国农业科学院北京畜牧兽医研究所。

本文件主要起草人：刘希强、李晓霞、黄刚、唐顺学、刘亚玲、马琳、仪登霞。本文件为首次发布。

本文件的某些内容可能涉及专利。本文件的发布机构不承担识别这些专利的责任。

T/HXCY99—2024

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紫花苜蓿高通量基因型鉴定分析技术规程

范围

本文件规定了紫花苜蓿（MedicagosativaL.）高通量基因型鉴定分析的技术原理、仪器设备、测试方法、生物信息分析和测试报告。

本文件适用于紫花苜蓿高通量基因型鉴定分析。

规范性引用文件

下列文件中的内容通过文中的规范性引用而构成本文件必不可少的条款。其中，注日期的引用文件，仅该日期对应的版本适用于本文件；不注日期的引用文件，其必威体育精装版版本（包括所有的修改单）适用于本文件。

GB/T30989高通量基因测序技术规程

GB/T40171磁珠法DNA提取纯化试剂盒检测通则

T/JSFT/JSF001美洲黑杨性别苗期鉴定技术规程——SSR分子标记法

术语和定义

下列术语和定义适用于本文件。

基因组文库DNAlibrary

将某种生物的基因组DNA切割成一定大小的片段，并与合适的载体重组后导入宿主细胞，进行克隆，这些存在于所有重组体内的基因组DNA片段的集合，即基因组文库。

探针probe

识别特定碱基序列，经人工标记的小段单链核酸分子。

高通量测序high-throughputsequencing

区别于传统Sanger（双脱氧法）测序，能够一次并行对大量核酸分子进行平行序列测定的技术，通常一次测序反应能产出不低于100Mb的测序数据。

引物primer

指在核苷酸聚合作用起始时，用于刺激合成的一种具有特定核苷酸序列的大分子，与反应物以氢键形式连接。

DNA聚合酶DNApolymerase

它是以亲代DNA为模板，催化底物dNTP分子聚合形成子代DNA的一类酶。

DNA连接酶DNAligase

在DNA复制、修复和重组过程中，能够催化DNA链之间的磷酸二酯键形成的酶。

SNP标记SNPmarker

在基因组上由单个核苷酸变异形成的遗传标记。

液相基因芯片liquid-phasegenechip

通过挑选基因组目标区域多态性高、缺失率低、分布均匀的标记位点信息作为参考设计探针，并合成特异性液相芯片，在液相环境下对目标区域序列进行定向捕获富集和高通量测序。

靶向测序分型技术GenotypingbyPinpointSequencingofliquidcapturedtargets

（cGPS）

基于优化的热力学稳定性算法模型对目标区间序列设计特异性探针，利用合成的探针对位于基因组不同位置的多个不同目标序列进行液相杂交，捕获富集的目标区间进行文库构建和高通量测序，获得目标区间内SNP/InDel标记位点的基因型。

技术原理

基于优化的热力学稳定性算法模型对目标区间序列设计特异性探针，利用合成的紫花苜蓿60K液相芯片对位于基因组不同位置的多个不同目标序列进行液相杂交，通过对捕获富集的目标区间构建文库和高通量测序，获得目标区间内SNP/InDel标记位点的基因型。能够对大规模紫花苜蓿群体开展高效、精准、低成本地基因型分型检测，应用于紫花苜蓿群体遗传主效基因选择、分子标记辅助育种、全基因组选择育种、品种真实性鉴定和种质资源遗传多样性评价等。

仪器设备

涡旋震荡器

移液器

离心机

磁力架

高通量自动化核酸提取仪或工作站

微量紫外分光光度计或酶标仪

PCR仪

荧光定量PCR仪

电泳仪

凝胶成像系统