计算机辅助药物设计.pptVIP

LogoAddYourCompanySloganLogoAddYourCompanySlogan计算机辅助药物设计陈闻天Logo计算机辅助药物设计的概念目录1计算机辅助药物设计的理论基础2结合自由能的计算3基于配体/受体的药物计算4药物发现集成平台5计算机辅助药物设计的概念Logo计算机辅助药物设计（computer-aideddrugdesign，CADD）是以药物分子的基础，是新药研究的工具。它依据生物化学、酶学、分子生物学以及遗传学等生命科学的研究成果，针对这些基础研究中所揭示的包括酶、受体、离子通道以及核酸等潜在的药物设计靶点，并参考其他内源性配体或者天然药物产物的化学特征，设计出合理的药物分子。计算机辅助药物设计根据对象分类Logo基于受体结构的药物分子设计方法Receptor-baseddrugdesign基于配体（小分子）的药物设计方法Ligand-baseddrugdesign目前设计的机理从结构转变为药效机理的药物设计（ADME）计算机辅助药物设计的理论基础Logo受体与配体药物-受体作用学说药物-受体相互作用力受体（离子通道受体；G-蛋白偶联受体；跨膜激酶活性受体；细胞内受体）占领学说；速率学说；诱导契合学说；二态模型；钥匙锁学说共价键；非共价键（静电作用离子键、离子-偶极键、偶极-偶极相互作用；范德华力；疏水作用；氢键；电荷转移作用；螯合作用）理论计算方法Logo分子动力学（牛顿力学）经典算法：模拟退火算法；模特卡罗方法分子力学（立场方法，经典牛顿力学）构筑力场，力场软件有AMBER;ECEPP;MM4…不能用于计算电子的特性如电子云密度，HOMO量子力学（薛定谔的方程）方法：双原子微分重叠法MNDO；定域轨道微扰构型相互作用法PCILO结合自由能计算Logo自由能微扰/热力学积分方法线性相互作用能方法打分函数基于配体/受体的药物计算Logo基于配体的药物计算基于受体的药物计算基于配体的药物计算Logo定量构效方法关系（QSAR）2D-QSARhans法，模式识别，电子拓扑法3D-QSAR分子形状分析MSA；距离几何法DG；比较分子场分析CoMFA*4D-QSAR药效团模型方法合理药物设计（RDA）Catalyst软件的使用。（商业化）基于受体的药物计算Logo重新配体设计denovoliganddesign常用软件LUDI;GROW;GRID;GREEN;MCSS(活性位点分析)分子对接虚拟筛选dockingdock6.0*http:///AutodockFlexXAffinityDock具体操作Logo准备受体文件准备配体文件生成负模准备受体文件Logo2020准备受体文件012021准备配体文件022022生成负模03准备受体文件Logo在chimera打开受体pdb文件安装chimera准备受体文件Logo从复合物中选配体并删除LogoAddYourCompanySloganLogoAddYourCompanySlogan*