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《猪SINE反转录转座子插入多态(RIP)分子标记遗传多样
性检测技术规程》(征求意见稿)
编制说明
一、工作简况,包括任务来源、起草单位、协作单位、标准主要起草
人及其所做的工作等;
任务来源于“关于征集2022年江苏省农学会团体标准(第二批)立项项目
的通知”,由江苏省农学会提出并负责组织制定。
本标准起草单位:扬州大学、江苏省畜牧总站。
本标准主要起草人:陈才、王宵燕、宋成义、高波、潘雨来、王勇、朱慈根。
本标准制定过程中主要由陈才、王宵燕、宋成义负责文本起草、资料收集、
分析调研、试验验证等工作,由高波、朱慈根负责试验对比、分析调研、技术经
济论证和数据分析等工作,由潘雨来、王勇负责资料收集及文本修改等工作。
二、制定(修订)标准的必要性和意义
转座子(transposon)又称转座元件(transposableelements,TEs),是广泛存在于
生物基因组中的一段DNA序列,可以在基因组上自由的跳跃、复制或移位,产
生物种内丰富的遗传多样性。转座子占哺乳动物基因近50%的比例,其中猪(Sus
scrofadomesticus)的转座子占基因组比重约40.72%。转座子尤其是反转录转座子
的各种活动是基因和基因组进化的动力。根据转座子尤其是反转录转座子建立的
新型分子标记转座子插入多态性已成为研究生物基因组的进化、生物多样性和分
子育种的重要工具。目前,基于反转录转座子的分子标记已经可以成熟应用于植
物品种指纹图谱,遗传多样性和亲缘关系分析。近年来在畜禽上,反转录转座子
的插入多态挖掘及应用研究也逐渐受到重视,已经初步用于生物多样性、基因进
化和品种鉴定等方面研究,目前,鸡、兔、猫和鹿等都开展了相关的研究。SINE
反转录转座子是猪基因组中拷贝数最多的一类转座子,拷贝数超100万个。并且
其自身长度在100-500bp之间,年轻SINE转座子的长度聚集在280bp左右,且
研究证实年轻SINE在不同个体间存在丰富的插入多态性。基于上述特点,针对
SINE转座子形成的插入多态性变异而开发分子标记具有天然的优势。
1
本实验室开发的基于SINE反转录转座子的分子标记,经在中国部分地方猪,
小型猪和江苏地方猪群体中进行群体遗传学分析证实,相比较于其他标记,可以
准确反映中外猪种群体遗传多样性,以及不同品系、血统之间的亲缘关系,可以
用于作为品种鉴定,遗传多样性分析,遗传图谱构建及亲缘关系分析。因此,急
需针对SINE反转录转座子插入多态(RIP)分子标记进行群体多样性检测标准
的问世,从而规范使用SINE反转录转座子插入多态(RIP)分子标记进行群体
多样性检测和分析。
本标准规定通过使用SINE反转录转座子插入多态(RIP)分子标记进行猪
遗传多样性检测的技术规程,适用于猪群体遗传多样性和群体结构分析,主要包
括遗传杂合度、等位基因频率、多态信息含量、遗传距离、聚类分析等。
目前尚无利用SINE反转录转座子插入多态(RIP)进行猪遗传多样性检测
的国家标准,江苏省也无相应团体标准。
三、主要起草过程(需根据标准制定程序各阶段的进展不断补充,直
到形成报批稿可发布为止)
首先,成立了《猪SINE反转录转座子插入多态(RIP)分子标记遗传多样
性检测技术规程》标准起草工作组,并制订了详细的工作计划,包括资料收集、
样品的采样计划,实验计划,数据的统计分析和汇总等。
其次,收集当前群体遗传多样性检测标准,分子标记技术的研究进展,以及
转座子多态分子标记开发及应用进展等资料,并对当前研究人员、企业工作人员
对分子标记的使用情况进行调研、分析。
再者,整理当前的研究方案和验证结果,起草形成猪SINE反转录转座子插
入多态(RIP)分子标记遗传多样性检测技术规程初稿,进而编制草案征求意见
稿。
四、主要条款的说明
1.样品DNA的制备
采样个体应具备该品种的典型特征,每品种采集要求三代内无血缘关系的猪
个体不少于60头,其中雄性数量不少于10%。样品的采集及保存应满足提取DNA
的要求,并详细记录材料名称、来源、系谱、采集时间、地点及保存条件。
2
样品DNA制备方法用苯酚氯仿法或试剂盒法。
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