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家畜保种群体基因组遗传多样性与SNP等位基因频率关系研究

目录

家畜保种群体基因组遗传多样性与SNP等位基因频率关系研究（1）．3

一、内容概述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．3

（一）研究背景与意义．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．3

（二）研究目的与内容概述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．4

二、材料与方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．5

（一）样本选择与收集．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．6

（二）基因组DNA提取．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．7

（三）基因组测序与数据分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．9

（四）SNP筛选与鉴定．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．9

三、家畜保种群体基因组遗传多样性分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．11

（一）遗传多样性指数计算．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．12

（二）遗传多样性地理分布．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．14

（三）遗传多样性与家畜重要性状的关联分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．15

四、SNP等位基因频率分布特征．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．16

（一）SNP等位基因频率总体分布．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．16

（二）不同种群间SNP等位基因频率差异．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．18

（三）SNP等位基因频率与性状关联分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．19

五、家畜保种群体基因组遗传多样性影响因素研究．．．．．．．．．．．．．．21

（一）环境因素对遗传多样性的影响．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．22

（二）遗传因素对遗传多样性的影响．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．23

（三）人为因素对遗传多样性的影响．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．25

六、结论与展望．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．25

（一）研究结论总结．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．26

（二）未来研究方向与应用前景展望．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．28

家畜保种群体基因组遗传多样性与SNP等位基因频率关系研究（2）

一、内容综述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．29

1.1家畜保种的重要性．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．31

1.2基因组遗传多样性研究现状．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．32

1.3研究目的与意义．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．33

二、家畜保种群体基因组遗传多样性研究．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．36

2.1基因组DNA提取与鉴定．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．37

2.2遗传多样性参数分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．37

2.3遗传结构与变异研究．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．39

三、SNP等位基因频率分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．41

3.1SNP概述及在家畜保种中的应用．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．42

3.2等位基因频率计算方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．43

3.3不同保种群体SNP等位基因频率比较．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．45

四、家畜保种群体基因组遗传多样性与SNP等位基因频率关系探讨．46

4.1基因组遗传多样性与SNP等位基因频率的相关性．．．．．．．．．．．．．47

4.2不同保种群体间的遗传多样性差异及影响因素分析．．．．．．．．．．48

4.3遗传多样性与生产性能、抗病力等性状的关系．．．．．．．．．．．．．．50

五、家畜保种策略及建议．．．．．．．．．．．．．．．．．．