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铁细菌Acidiphilium的比较基因组研究
目录
铁细菌Acidiphilium的比较基因组研究（1）．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．4
一、内容简述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．4
1.1铁细菌Acidiphilium概述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．4
1.2比较基因组学的重要性．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．6
1.3研究目的与问题提出．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．8
二、文献综述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．9
2.1铁细菌Acidiphilium的研究现状．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．10
2.2比较基因组学的研究进展．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．12
2.3相关研究工具与方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．14
三、研究方法与数据来源．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．16
3.1研究样本的选取与处理．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．16
3.2基因组测序及组装．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．17
3.3数据来源及质量评估．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．19
四、铁细菌Acidiphilium的比较基因组分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．20
4.1基因组基本特征比较．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．21
4.2编码基因及功能注释比较．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．22
4.3非编码RNA比较．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．23
4.4基因组进化关系分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．25
五、铁细菌Acidiphilium的特定基因研究．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．26
5.1铁代谢相关基因研究．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．28
5.2耐酸基因的研究．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．28
5.3其他重要功能基因的研究．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．30
六、结果与讨论．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．32
6.1比较基因组学分析结果．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．33
6.2铁细菌Acidiphilium的基因特点分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．35
6.3结果分析与解释．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．36
6.4结果讨论与对比研究．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．38
七、结论与展望．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．40
7.1研究总结与主要发现．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．41
7.2研究限制与不足．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．42
7.3未来研究方向与展望．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．43
铁细菌Acidiphilium的比较基因组研究（2）．．．．．．．．．．．．．．．．．．．44
一、内容简述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．44
1.1研究背景．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．45
1.2研究目的与意义．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．46
1.3研究方法概述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．47
二、铁细菌Acidiphilium概述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．48
2.1铁细菌Acidiphilium的分类地位．．．．．．．．．．．
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