基于叶绿体基因组的红藻及囊泡藻类内共生系统发生分析.pdf

摘要

本研究以采集和购买的红藻、定鞭藻、褐藻以及硅藻为实验材料，进行形态观

察及rbcL序列测定，基于形态学特征观察和分子生物学分析进行物种鉴定。并对样

本进行高通量测序，对叶绿体基因组进行组装、拼接和注释，得到完整的叶绿体基

因组，分析叶绿体基因组的特征，同时对基因组密码子使用情况及碱基偏移进行分

Ka/Ks

析，并对部分关键功能基因的非同义替换和同义替换比率（）进行计算。另外

利用系统发育基因组学的方法基于细胞器基因组重建系统发育关系，根据与红藻二

次内共生相关的囊泡藻界藻类的细胞器基因组信息，构建基于细胞器基因组的系统

发育树，分析红藻二次内共生的进程。

研究结果如下：

YZQDYZHZYZXZ

通过形态学特征观察和分子生物学分析，将样本、、、

HZNZG03GZFH01GZFH02GZFH03GZFH05FACHB-806FACHB-2203

、、、、、、

分别鉴定为海洋胭脂藻Hildenbrandiarubra、鸡公山胭脂藻Hildenbrandia

jigongshanensis、鸡公山胭脂藻Hildenbrandiajigongshanensis、河生茸壳藻

Heribaudiellafluviatilis、谷皮菱形藻Nitzschiapalea、梅尼小环藻Cyclotella

meneghiniana、谷皮菱形藻Nitzschiapalea、梅尼小环藻Cyclotellameneghiniana、紫

球藻Porphyridiumpurpureum、等鞭金藻Isochrysissp.。

11YZQDYZHZ

通过叶绿体基因组测序、组装和注释共得到了株藻类样本（、、

YZXZ、HZNZG03、GZFH01、GZFH02、GZFH03、GZFH05、FACHB-806（0ppt）、

FACHB-80668pptFACHB-2203

（）、）的完整环状叶绿体基因组结构，叶绿体基因

182909bp178338bp178343bp128880bp119327bp132578bp

组大小分别为、、、、、、

117911bp、132593bp、222619bp、222619bp、101223bp。通过分析叶绿体基因组

RSCU

密码子使用情况得到，蓝藻门同义密码子相对使用度（）最大的为编码亮氨酸

LeuUUGRSCU

的，而灰胞藻门、绿藻门、红藻门以及囊泡藻界最大的均为编码亮

氨酸Leu的UUA；在不同类群RSCU1的密码子中，更偏好于以A/U结尾。蓝藻门、

AG

隐藻门、定鞭藻门、不等鞭毛类以及甲藻门基因组存在偏移和偏移，灰胞藻和

TCTG

绿藻门存在偏移和偏移，有孔虫界基因组存在偏移