构建基因树基本步骤.pdfVIP

1、进行modeltest

A,序列名称中不可以用横线“一”可用下划线用clustax比对序列并生成..aln格式的文件；

B,在clustax的下拉菜单中选择saveas，将文件另存为.nxs格式的文件，然后将其扩展名改

成.nex,用于后面的modeltest检测；

C,打开.nex文件，将modeltest里的补丁paupblock拷入此文件的末端，再另存.nex文件；

D,在paup软件中打开修改后的.nex文件（可将paup创建快捷方式到目标文件夹进行分析运算），

运行，生成model.scores，将该文件拷到modeltest的bin文件夹；

在下运行：…路径、回车，运行命令：即生成

E,cmdcd..（）modeltest3.7.winmodel.scoresmodel.outmodel.out

文件（更改根目录时，如从盘到盘，输入回车即到盘，然后输入路径即可）；

CDd:d

打开文件，寻找合适的模型（…厂一般最大似然值（）越大，

F,model.outmodelselected:-InL

参数（）越少，模型越合适。

k

2、PAU构建基因树（花费的时间很长，一般先做mrbayes）

在以上生成的文件中找到最适模型下的…信息，将其拷贝到最初的有转换成

A,model.outbeginpaup...aln

的.nex文件的末尾，并加入相应的参数：。。。。。，保存。

beginpaup;

logfile=bootstrapconsensus.log;

LsetNst=2TRatio=3.3424Rates=gammaShape=0.4337Pinvar=0;

HSEARCHADDSEQ=random;

savetreesfile=pus_nj_bs.treesformat=nex;

contree/majrule=yesstrict=nole50=yesusetreewts=yesshowtree=yes

treefile=pus_finalbootstrap.treestreefile=pus_finalbootstrap.trees;

logstop;

end;

B，在paup中运行，即生成该树文件。

3、Mrbayes构建基因树

在以上生成的文件中找到最适模型下的…信息，将其拷贝到最初的有转换成

A,model.outbeginpaup...aln

的.nex文件的末尾，并加入相应的参数：。。。。。，保存。

beginmrbayes;

lsetnst=2

rates=gamma;

mcmcp

ngen=700000nchains=6temp=0.2printfreq=200savebrlens=yessamplefreq=100burnin=300000;

mcmc;

sumt