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磷酸化肽从头测序：基于Transformer与门控循环单元的算法研究
目录
一、内容概括．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．3
研究背景及意义．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．3
1.1磷酸化肽测序的重要性．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．4
1.2基于Transformer与门控循环单元算法研究的必要性．．．．．．．．．．5
研究现状及发展趋势．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．6
2.1磷酸化肽从头测序技术概述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．8
2.2Transformer与门控循环单元在相关领域的应用现状．．．．．．．．．．9
二、磷酸化肽从头测序技术原理．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．10
磷酸化肽概述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．12
1.1磷酸化肽的特点．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．13
1.2磷酸化肽的识别方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．14
从头测序技术原理．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．15
2.1测序技术流程．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．17
2.2数据处理与分析方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．17
三、基于Transformer的算法研究．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．19
Transformer原理及结构．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．21
1.1Transformer基本原理．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．22
1.2Transformer结构组成．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．23
基于Transformer的磷酸化肽从头测序算法设计．．．．．．．．．．．．．．24
2.1数据预处理．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．25
2.2模型构建及训练．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．26
2.3预测与评估．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．27
四、基于门控循环单元的算法研究．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．28
门控循环单元原理及特点．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．29
1.1门控循环单元基本概念．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．30
1.2门控循环单元在序列处理中的应用优势．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．32
基于门控循环单元的磷酸化肽从头测序算法设计．．．．．．．．．．．．．33
2.1算法框架构建．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．34
2.2模型参数优化．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．36
2.3结果分析与评估．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．37
五、基于Transformer与门控循环单元的联合算法研究．．．．．．．．．．．38
联合算法设计思路及框架．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．39
1.1算法融合策略．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．40
1.2算法框架构建．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．41
联合算法在磷酸化肽从头测序中的应用．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．41
2.1数据处理与模型训练．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．42
2.2预测结果及性能分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．44
六、实验结果与分析讨论．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．46
七、结论与展望．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．
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