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家禽产蛋性能差异转录组比较分析及候选基因研究

目录

家禽产蛋性能差异转录组比较分析及候选基因研究（1）．．．．．．．．．．4

一、内容概览．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．4

1.1家禽产蛋性能的重要性．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．4

1.2转录组学在产蛋性能研究中的应用．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．6

1.3研究目的与意义．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．6

二、研究内容与方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．7

2.1研究对象及样本选择．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．8

2.2转录组测序及数据分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．9

2.3生物信息学分析流程．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．11

2.4候选基因筛选与验证．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．12

三、家禽产蛋性能转录组比较分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．14

3.1不同产蛋性能家禽转录组差异概述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．15

3.2关键差异表达基因识别．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．16

3.3差异表达基因的功能分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．18

3.4转录因子与产蛋性能的关联分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．18

四、候选产蛋性能相关基因研究．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．19

4.1候选基因筛选依据及结果．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．19

4.2候选基因功能预测及验证实验设计．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．21

4.3候选基因表达模式分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．22

4.4遗传变异与产蛋性能关联分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．23

五、讨论与分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．25

5.1转录组差异与产蛋性能关系讨论．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．26

5.2候选基因的功能及其在家禽产蛋中的潜在作用．．．．．．．．．．．．．．28

5.3研究结果与前人研究的对比与整合．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．29

六、结论与展望．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．30

6.1研究结论总结与意义阐述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．31

6.2研究创新点与特色归纳．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．32

家禽产蛋性能差异转录组比较分析及候选基因研究（2）．．．．．．．．．33

研究背景与意义．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．33

1.1家禽产蛋性能概述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．34

1.2产蛋性能差异研究的重要性．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．35

1.3转录组技术在基因研究中的应用．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．35

研究方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．36

2.1样本采集与处理．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．37

2.2转录组测序与数据分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．38

2.3差异表达基因筛选与功能注释．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．39

2.3.1差异表达基因筛选标准．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．41

2.3.2功能注释与通路富集分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．42

结果分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．42

3.1家禽产蛋性能差异的转录组特征．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．43

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