生物学数库据及其检索.pptxVIP

生物信息学Bioinformatics第二章生物学数据库及其检索王文栋

第一节生物学数据库简介Chapter2

一、什么是数据库？数据库（database）是一类用于存储和管理数据的计算机文档，是统一管理的相关数据的集合，其储存形式有利于数据信息的检索与调用。

生物学数据库在生物信息学者们的努力下，人类基因组序列数据连同其它多种模式生物的序列数据及各自相应的基因结构与功能信息皆可供众多生物学家们免费接入与使用。12

模式生物PlasmodiumfalciparumBorreliaburgorferiAquifexaeolicusNeisseriameningitidisZ2491MycobacteriumtuberculosishumanArabidopsisThermotogamaritimaEscherichiacoliBuchnerasp.APSRickettsiaprowazekiiUreaplasmaurealyticumBacillussubtilisDrosophilamelanogasterThermoplasmaacidophilumHelicobacterpylorimouseCaenorhabitiselegansratBorreliaburgorferi

模式生物基因组计划模式生物基因组计划酵母、线虫、果蝇、细菌、拟南芥等共约50多种已完成，70余种正在进行。目前总量已达60亿碱基对！

virusesplasmidsbacteriafungiplantsalgaeinsectsmollusksreptilesbirdsmammalsGenomesizesinnucleotidepairs(base-pairs)bonyfishamphibians

生物学数据库的分类根据数据存放类型：序列（三维）结构文献序列特征基因组图谱表达谱。。。根据数据存储的具体内容：一级数据库二级数据库专用数据库

（一）一级数据库和二级数据库一级数据库（Primarydatabase）：库中的主要内容来源于实验室操作所得到的原始数据（例如：测序得到的序列、X射线晶体衍射所得到的三维结构数据等），也包含一些基本的说明（序列所属的物种、类型、序列发表的文献出处等）。核酸序列数据库GenBank,EMBL,DDBJ及蛋白结构数据库PDB就是典型的一级数据库。

二级数据库（Secondarydatabase）：在一级数据库的信息基础上进行计算机加工处理并增加了许多的人为注释而构成的（例如：NCBI的RefSeq数据库等）。

ATTGACTAPrimaryvs.SecondaryDatabasesACGTGCTTGACACGTGAATTGACTATATAGCCGACGTGCACGTGCACGTGCTTGACATTGACATTGACACGTGACGTGACGTGAATTGACTAATTGACTAATTGACTAATTGACTATATAGCCGTATAGCCGTATAGCCGTATAGCCGGenBankTATAGCCGTATAGCCGTATAGCCGTATAGCCGATGACATTGAGAATTATTCCGAGAATTCCGAGAATTATTCCGAGAATTCCSequencingCentersGAGAATTCCGAGAATTCCUniGeneRefSeqGenomeAssemblyLabsCuratorsAlgorithmsTATAGCCGAGCTCCGATACCGATGACAA

如何查找与研究相关的生物学资源利用公共有哪些信誉好的足球投注网站引擎了解重要的生物信息学门户站点利用NucleicAcidResearch杂志每年的数据库专辑、网络服务器专辑。12

Chapter2第二节常用数据库

常用数据库类型名称网址核酸序列一次数据库Genebank/Genbank/EMBLhttp://www.ebi.ac.uk/embl/DDBJhttp://www.ddbj.nig.ac.jp/Welcome.html.ja/基因组一次数据库GDB/蛋白质序列一次数据库SWISS-PROT/sprot/PIR/TrEMBLhttp://www.ebi.ac.uk/trembl/UniProt/index.shtml/MIPShttp://mips.gsf.de/GenPept/pub/genpept/NRL-3D/general/software/packages/nrl_3d/nrl_3d.html/复合数据库NRDBhttp://www.nrdb.co.uk/OWLhttp://www.bioinf.manchester.ac.uk