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实验三：多条序列比对——Clustalx
〔一〕ClustalX
Clustal是一种利用渐近法〔progressivealignment〕进行多条序列比对的软件。即从多条序列中最相似〔距离最近〕的两条序列开始比对，按照各个序列在进化树上的位置，由近及远的将其它序列依次参加到最终的比对结果。〔Figure3.1〕
安装clustalx程序。
双击安装2.exe文件到自己的电脑上。
也可从下载，列表中的倒数第二个文件。2
Figureclustal算法
准备要比对的序列
请查找至少存在于5个物种中的同源序列〔核酸或蛋白质皆可〕，并保存为fasta格式，存为文本文件〔所有的序列请粘贴到同一个文本文件中〕。选择NM、XM或NP打头的序列，不要选择NC或NW打头的序列，那是全基因组序列。
做法可参照邮箱中的preparationsforpractice3.doc文件。
翻开clustalX程序
开始菜单－程序－clustalX2-clustalX2
载入序列
点最上方的File菜单，选择LoadSequence-选择你刚保存的序列文件，点翻开。
在左侧窗口里是fasta格式序列的标识号，取自序列第一行“”后的字符。(Figure)
注意：ClustalX程序无法识别汉字，无法识别带空位的文件夹名，如mydocument。各位同学保存的序列文件不要保存在桌面上或带汉字的文件夹中，推荐保存在D盘根目录下。
常见文件翻开错误原因：
序列格式有问题，非正确的fasta格式。
文件中有序列重复粘贴。
TIPS:想要方便识别序列所属物种，可在每条序列“”后输入物种名，加空位即可。
EXAMPLE：原格式：gi|262050536|ref|NM_002218.4|Homosapiensinter-alpha(globulin)inhibitorH4(plasmaKallikrein-sensitiveglycoprotein)(ITIH4),transcriptvariant1,mRNA
改为：humangi|262050536|ref|NM_002218.4|Homosapiensinter-alpha(globulin)inhibitorH4(plasmaKallikrein-sensitiveglycoprotein)(ITIH4),transcriptvariant1,mRNA
Figure载入序列
比对参数的选择
可以对两条序列比对的参数和多条序列比对的参数进行设置。
两条序列比对的参数设置
点击Alilgnment菜单，选择AlignmentParameters,再选择PairwiseAlignmentParameters,得到Figure.首先可以选择比对的效果，是slow/accurate还是fast/approximate。第一种模式采用的是动态规划算法进行比对的，第二种模式采用的是启发式的算法。除非序列非常长，一般采用第一种模式。可以选择空位罚分系统，要使用的DNA或蛋白质替换矩阵，也可以自己上传某个替换矩阵进行比对。
FigurePairwiseAlignmentParameters
多条序列比对参数设置
点击Alilgnment菜单，选择AlignmentParameters,再选择MultipleAlignmentParameters,得到Figure.
FigureMultipleAlignmentParameters
Delaydivergentsequence是指当两条序列的差异大于某个值〔百分比〕的时候，这两条序列的比对将推迟进行，它们的比对结果会在最后参加到最终的多条序列比对结果。DNAtransitionWeight等于0的时候，程序将转换〔transition〕当作错配(mismatch)看待，等于1的时候，将转换(transition)当作颠换(transversion)看待。当参与比对的序列差异较大时，DNAtransitionWeight应该选择的小些〔接近0〕，如果参与比对的序列差异较小时，DNAtransitionWeight可选择的大些〔接近1〕。
更改输出格式
点击Alignment菜单，选择OutputFormatOptions，页面如Figure。
默认的是输出clustalformat,如果需要其它格式，可在复选框里打勾。PHYLIP格式是利用PHYLIP软件进行建树时，需要输入的格式,我们将在实验6系统发育树构建中用到。
Figure输出格式选项
进行比对
点击Aliglnment菜单，选择DoCompleteAlignment.此时
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